PDB-9vvs: NAD(P)-dependent oxidoreductase from Kutzneria albida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vvs

タイトル

NAD(P)-dependent oxidoreductase from Kutzneria albida

要素

Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / imine reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Kutzneria albida DSM 43870 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Huang, L. / Fu, H.G. / Yao, Z.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Engineering an Imine Reductase for Enantioselective Synthesis of Atropisomeric Amides.
著者: Yao, Z. / Meng, R. / Zhou, Z. / Yu, L. / Wu, Z. / Tang, L. / Qiao, T. / Li, K. / Huang, L. / Song, D. / Fu, H.

履歴

登録	2025年7月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年11月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vvs.cif.gz	126.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vvs.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vvs_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vvs_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9vvs_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	9vvs_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/9vvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/9vvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9vw7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Dehydrogenase

A: Dehydrogenase

ヘテロ分子

65.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.710, 117.710, 98.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Dehydrogenase 分子量: 31809.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kutzneria albida DSM 43870 (バクテリア) 遺伝子: KALB_1124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W5W0Y1
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化	温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05 M Sodium acetate: Acetic acid pH 5.4, 0.8/1.2 M NaH2PO4/K2HPO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→12.716 Å / Num. all: 48016 / Num. obs: 24402 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 10.1 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.68→2.77 Å / R_merge(I) obs: 0.372 / Num. unique obs: 1927 / CC_1/2: 0.97 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.68→12.716 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 11.118 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.97 / ESU R Free: 0.328 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1009	5.081 %
R_work	0.1876	18850	-
all	0.191	-	-
obs	-	19859	98.816 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.846 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.097 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.097 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.195 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→12.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4089	0	97	218	4404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.635	5820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.444	1.573	9207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.658	5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.758	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.105	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.875	10	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.024	10	157
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	3783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.205	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.238	1.201	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.237	1.201	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.188	2.155	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.188	2.155	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.752	1.42	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.752	1.423	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.032	2.543	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.031	2.546	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.876	11.126	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.939	11.131	4804

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.68-2.746	0.318	76	0.247	1319	0.251	1395	0.929	0.96	100	0.222
2.746-2.818	0.315	75	0.234	1272	0.238	1347	0.931	0.958	100	0.217
2.818-2.896	0.262	60	0.236	1269	0.237	1329	0.946	0.962	100	0.22
2.896-2.98	0.286	65	0.233	1215	0.236	1280	0.94	0.967	100	0.217
2.98-3.072	0.239	71	0.214	1191	0.216	1262	0.952	0.969	100	0.196
3.072-3.173	0.254	51	0.216	1154	0.218	1205	0.958	0.969	100	0.186
3.173-3.285	0.326	70	0.219	1123	0.225	1193	0.925	0.967	100	0.192
3.285-3.41	0.243	51	0.184	1084	0.187	1135	0.963	0.978	100	0.16
3.41-3.55	0.265	56	0.183	1053	0.187	1109	0.948	0.978	100	0.163
3.55-3.709	0.262	55	0.176	999	0.18	1054	0.953	0.978	100	0.159
3.709-3.891	0.237	60	0.166	943	0.17	1003	0.964	0.981	100	0.152
3.891-4.103	0.214	47	0.156	921	0.159	969	0.973	0.983	99.8968	0.142
4.103-4.354	0.218	43	0.149	880	0.152	923	0.968	0.985	100	0.136
4.354-4.658	0.24	43	0.156	820	0.16	863	0.966	0.984	100	0.146
4.658-5.035	0.182	37	0.139	768	0.14	805	0.98	0.989	100	0.129
5.035-5.522	0.229	32	0.166	732	0.168	764	0.964	0.985	100	0.152
5.522-6.185	0.214	37	0.168	645	0.17	682	0.975	0.983	100	0.153
6.185-7.163	0.222	30	0.12	574	0.124	604	0.968	0.991	100	0.113
7.163-8.826	0.13	28	0.137	499	0.137	527	0.99	0.991	100	0.134
8.826-12.716	0.146	22	0.173	390	0.172	415	0.993	0.992	99.2771	0.169

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