PDB-9vvn: Crystal structure of computationally designed protein VTP-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vvn

タイトル

Crystal structure of computationally designed protein VTP-4

要素

VTP-4

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Verteporfin binding

機能・相同性

2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Tang, X. / Li, Y.H. / Xu, Y.L. / Kou, L.Y. / Ji, P.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computational design of verteporfin binding protein
著者: Tang, X. / Li, Y.H. / Xu, Y.L. / Kou, L.Y. / Ji, P.F.

履歴

登録	2025年7月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vvn.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vvn.ent.gz	35.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vvn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vvn_validation.pdf.gz	628.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vvn_full_validation.pdf.gz	630.9 KB	表示
XML形式データ	9vvn_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	9vvn_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/9vvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/9vvn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VTP-4

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.606, 58.488, 83.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	VTP-4 分子量: 20361.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 296.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01M NiCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 20% w/v Polyethylene glycol Monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47.97 Å / Num. obs: 23836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.996 / Num. unique obs: 1157

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→47.967 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 2.061 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2546	1169	4.916 %
R_work	0.2073	22612	-
all	0.21	-	-
obs	-	23781	99.828 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.218 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1308	0	28	135	1471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.003	1.835	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.625	1.727	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.13	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.773	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.28	10	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.136	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.527	2.298	683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.527	2.297	683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.486	4.125	856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.49	4.127	857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.795	2.828	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.792	2.828	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.814	4.947	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.811	4.947	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.495	30.844	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.438	27.903	1552

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.359	86	0.281	1625	0.284	1729	0.923	0.951	98.9589	0.26
1.642-1.686	0.354	87	0.271	1604	0.275	1692	0.925	0.956	99.9409	0.248
1.686-1.735	0.308	84	0.254	1528	0.257	1622	0.95	0.962	99.3835	0.228
1.735-1.789	0.255	64	0.224	1535	0.225	1607	0.962	0.969	99.5022	0.201
1.789-1.847	0.271	75	0.225	1472	0.227	1547	0.951	0.967	100	0.202
1.847-1.912	0.229	79	0.225	1412	0.225	1493	0.963	0.968	99.866	0.206
1.912-1.984	0.283	86	0.228	1353	0.232	1440	0.953	0.967	99.9306	0.21
1.984-2.065	0.286	72	0.227	1331	0.23	1403	0.95	0.969	100	0.215
2.065-2.156	0.241	68	0.23	1281	0.231	1349	0.969	0.968	100	0.219
2.156-2.261	0.26	69	0.207	1224	0.209	1293	0.96	0.973	100	0.197
2.261-2.384	0.244	53	0.194	1180	0.196	1233	0.965	0.976	100	0.187
2.384-2.528	0.298	56	0.205	1107	0.209	1163	0.939	0.974	100	0.204
2.528-2.702	0.222	45	0.208	1057	0.209	1102	0.965	0.972	100	0.21
2.702-2.917	0.3	44	0.203	983	0.206	1027	0.94	0.973	100	0.206
2.917-3.195	0.242	41	0.2	912	0.202	953	0.967	0.974	100	0.209
3.195-3.57	0.183	53	0.172	812	0.172	865	0.978	0.982	100	0.187
3.57-4.118	0.181	37	0.183	734	0.183	771	0.979	0.978	100	0.205
4.118-5.035	0.341	26	0.169	645	0.174	671	0.926	0.982	100	0.204
5.035-7.081	0.268	26	0.242	508	0.243	534	0.966	0.963	100	0.273
7.081-47.967	0.276	18	0.232	309	0.235	328	0.96	0.959	99.6951	0.264

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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