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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 9vsj
タイトル
Crystal structure of the genetically-encoded green calcium sensor icBTnC2 in its calcium bound-state
要素
icBTnC2 - the genetically-encoded green calcium sensor based on the fluorescent protein mBaoJin and calcium binding domain of C-terminal minimal domain of troponin C from Calypte Anna
キーワード
FLUORESCENT PROTEIN / mBaoJin2 / green fluorescent protein / indicator / sensor / calcium
A: icBTnC2 - the genetically-encoded green calcium sensor based on the fluorescent protein mBaoJin and calcium binding domain of C-terminal minimal domain of troponin C from Calypte Anna ヘテロ分子
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.75172 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.55→55.73 Å / Num. obs: 72730 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.973 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度: 1.55→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3537 / CC1/2: 0.53
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0430
精密化
Aimless
0.8.2
データスケーリング
DIALS
3.21
データ削減
gemmi
0.7.1
データ抽出
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→55.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.275 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21958
3647
5 %
RANDOM
Rwork
0.19736
-
-
-
obs
0.19847
69063
99.85 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK