PDB-9vsa: Structure of the wild-type CAX1 in Arabidopsis thaliana in the ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vsa

タイトル

Structure of the wild-type CAX1 in Arabidopsis thaliana in the apo state

要素

Vacuolar cation/proton exchanger 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Calcium / Transporter / Proton / CAX1

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium:proton antiporter complex / calcium:proton antiporter activity / lithium ion transport / plant-type vacuole membrane / cold acclimation / intracellular manganese ion homeostasis / regulation of stomatal movement / phosphate ion homeostasis / plant-type vacuole / vacuole ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Sun, L. / Wang, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the wild-type CAX1 in Arabidopsis thaliana in the apo state
著者: Sun, L. / Wang, K.

履歴

登録	2025年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月3日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vsa.cif.gz	202.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vsa.ent.gz	164.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vsa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vsa_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vsa_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9vsa_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	9vsa_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/9vsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/9vsa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	65299MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vacuolar cation/proton exchanger 1

B: Vacuolar cation/proton exchanger 1

C: Vacuolar cation/proton exchanger 1

154 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Vacuolar cation/proton exchanger 1 / Ca(2+)/H(+) antiporter CAX1 / Ca(2+)/H(+) exchanger 1 / Protein CATION EXCHANGER 1 / Protein RARE ...Ca(2+)/H(+) antiporter CAX1 / Ca(2+)/H(+) exchanger 1 / Protein CATION EXCHANGER 1 / Protein RARE COLD INDUCIBLE 4 分子量: 51209.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CAX1, RCI4, At2g38170, F16M14.10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q39253
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Vacuolar cation/proton exchanger 1 / Ca(2+)/H(+) antiporter CAX1 / Ca(2+)/H(+) exchanger 1 / Protein CATION EXCHANGER 1 / Protein RARE ...

分子量: 51209.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CAX1, RCI4, At2g38170, F16M14.10 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q39253

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: CAX1 trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.13_2998:	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82149 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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