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万見
- PDB-9vr0: NMR solution structure of termini-truncated oxidized cytochrome c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vr0
タイトルNMR solution structure of termini-truncated oxidized cytochrome c552 from Thioalkalivibrio paradoxus
要素Cytochrome c552
キーワードELECTRON TRANSPORT / thiocyanate dehydrogenase electron acceptor / cytochrome c552 / class I cytochrome c / hemeprotein / periplasmic
機能・相同性Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / HEME C / Cytochrome c552
機能・相同性情報
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Britikov, V.V. / Britikova, E.V. / Rakitina, T.V. / Dergousova, N.I. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. / Bocharov, E.V.
資金援助Belarus, ロシア, 2件
組織認可番号国
Belarusian Republican Foundation for Fundamental ResearchX23RSF-091Belarus
Russian Science Foundation23-44-10021 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR solution structure of termini-truncated oxidized cytochrome c552 from Thioalkalivibrio paradoxus
著者: Britikov, V.V. / Britikova, E.V. / Rakitina, T.V. / Dergousova, N.I. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. / Bocharov, E.V.
履歴
登録2025年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3912
ポリマ－13,7721
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 128structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c552


分子量: 13772.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
遺伝子: WP_006748979.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J0PCM1
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HCACO
1111isotropic13D HNHA
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic13D HN(CA)CB
1141isotropic13D HBHA(CO)NH
1151isotropic13D H(CCO)NH
1162isotropic12D 1H-1H NOESY
1172isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cytochrome c552, 50 mM sodium phosphate buffer, 95% H2O/5% D2O15N_13C_sample95% H2O/5% D2O
solution20.6 mM Cytochrome c552, 50 mM sodium phosphate buffer, 95% H2O/5% D2Ounlabeled_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMCytochrome c552[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate buffernatural abundance1
0.6 mMCytochrome c552natural abundance2
50 mMsodium phosphate buffernatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNchemical shift assignment
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.5.2CCPNpeak picking
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 / 詳細: explicit water refinment
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 128 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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