PDB-9vqk: crystal structure of an (R)-selective omega-transaminase from Anc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vqk

タイトル

crystal structure of an (R)-selective omega-transaminase from Ancylobacter lacus

要素

Omega-Transaminase

キーワード

TRANSFERASE / (R)-selective omega-transaminase / Complex with PLP

機能・相同性

PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Ancylobacter lacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Lin, S. / Zhang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2026
タイトル: Engineered omega-Transaminase Enables Remote Stereocontrol in the Synthesis of Chiral Pharmaceutical N-Heterocyclic Amines with Nonadjacent Stereocenters
著者: Zhang, Y. / Wang, X. / Yin, X. / Huang, T. / Lin, S.

履歴

登録	2025年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vqk.cif.gz	275.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vqk.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/9vqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/9vqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9wf1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Omega-Transaminase

D: Omega-Transaminase

F: Omega-Transaminase

H: Omega-Transaminase

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Omega-Transaminase

D: Omega-Transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Omega-Transaminase

H: Omega-Transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.968, 82.619, 197.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Omega-Transaminase 分子量: 35675.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ancylobacter lacus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 974 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M MES, 5%w/v PEG4000, 10% 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→19.97 Å / Num. obs: 84343 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.02→2.06 Å / Num. unique obs: 4404 / CC_1/2: 0.821

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→19.97 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2503	4102	4.96 %	Random
R_work	0.1986	-	-	-
obs	0.2011	82648	97.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9964	0	64	974	11002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	13944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.31	3789
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1819

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.04	0.3233	124	0.261	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.04-2.07	0.387	144	0.2568	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.09	0.3258	127	0.2643	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.12	0.3333	142	0.2585	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.12-2.15	0.3084	165	0.2607	2629	X-RAY DIFFRACTION	97
2.15-2.18	0.2953	119	0.2423	2657	X-RAY DIFFRACTION	97
2.18-2.21	0.2758	149	0.2448	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
2.21-2.25	0.2778	142	0.2362	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.25-2.29	0.2919	121	0.2281	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.33	0.3375	144	0.218	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.37	0.2613	141	0.2111	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.41	0.2479	169	0.2139	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.46	0.2956	135	0.2091	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.3014	136	0.2139	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.296	148	0.2107	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.64	0.2577	164	0.2077	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2684	128	0.1919	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2397	149	0.1857	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.2353	128	0.187	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.98	0.2327	146	0.1821	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.1	0.2487	154	0.1851	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.24	0.2435	155	0.1821	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
3.24-3.41	0.2376	128	0.1989	2658	X-RAY DIFFRACTION	95
3.41-3.62	0.3012	134	0.2311	2466	X-RAY DIFFRACTION	89
3.62-3.9	0.2558	108	0.1923	2586	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9-4.29	0.1749	153	0.161	2540	X-RAY DIFFRACTION	92
4.29-4.9	0.1926	129	0.1576	2798	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9-6.15	0.2072	150	0.1736	2848	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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