PDB-9vp6: Glucose-6-phosphate dehydrogenase from Leishmania donovani in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vp6

タイトル

Glucose-6-phosphate dehydrogenase from Leishmania donovani in complex with substrate

要素

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / Rossmann fold / complex form / substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Jakkula, P. / Qureshi, I.A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of leishmanial glucose-6-phosphate dehydrogenase and its implications for selective inhibitor development.
著者: Jakkula, P. / Qureshi, I.A.

履歴

登録	2025年7月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vp6.cif.gz	241.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vp6.ent.gz	181.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/9vp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/9vp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9vp5C 9vp7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.396, 92.381, 70.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.435, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

分子量: 66933.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: g6pdh, CGC20_2515, CGC21_25385, LDBPK_340080, LdCL_340005900, LDHU3_34.0110
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A2CIK6, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)

#2: 糖

ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 580分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 4% Tacsimate, 12% PEG3350, 4-8% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.554 Å / Num. obs: 54957 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.3→9.76 Å / 冗長度: 8 % / Num. unique obs: 4522 / CC_1/2: 0.937

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→29.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 9.497 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.302 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3142	2753	5.027 %
R_work	0.2278	52007	-
all	0.232	-	-
obs	-	54760	99.25 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.218 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.792 Å²	0 Å²	-1.254 Å²
2-	-	1.989 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8137	0	51	573	8761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	8344
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	7845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.654	11293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.438	1.574	18032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.868	5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.42	5	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.488	10	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.868	10	365
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	7530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.162	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.268	3.054	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.268	3.054	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.586	5.468	5265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.586	5.469	5266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.587	3.22	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.587	3.22	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.244	5.828	6028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.243	5.828	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.24	31.369	9383
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.214	31.421	9266

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.359	0.359	212	0.257	3812	0.263	4042	0.917	0.958	99.5547	0.246
2.359-2.424	0.369	198	0.257	3728	0.262	3949	0.925	0.961	99.4176	0.245
2.424-2.493	0.405	177	0.286	3598	0.291	3806	0.918	0.958	99.1855	0.271
2.493-2.57	0.324	170	0.246	3539	0.25	3722	0.932	0.963	99.6507	0.234
2.57-2.653	0.364	179	0.254	3410	0.26	3606	0.928	0.963	99.5286	0.238
2.653-2.745	0.333	175	0.249	3310	0.253	3502	0.936	0.964	99.5146	0.233
2.745-2.848	0.302	160	0.229	3177	0.233	3357	0.946	0.969	99.4042	0.215
2.848-2.963	0.401	163	0.249	3085	0.257	3262	0.914	0.964	99.5708	0.231
2.963-3.094	0.351	168	0.258	2931	0.263	3115	0.937	0.965	99.4864	0.243
3.094-3.243	0.357	168	0.245	2813	0.251	2994	0.934	0.968	99.5658	0.232
3.243-3.416	0.345	147	0.226	2669	0.232	2821	0.93	0.972	99.8228	0.217
3.416-3.62	0.286	106	0.219	2557	0.221	2675	0.959	0.976	99.5514	0.213
3.62-3.866	0.321	133	0.228	2422	0.233	2565	0.949	0.975	99.6101	0.226
3.866-4.17	0.295	126	0.209	2181	0.214	2368	0.955	0.975	97.424	0.204
4.17-4.559	0.264	109	0.179	2036	0.183	2159	0.957	0.981	99.3515	0.187
4.559-5.082	0.241	94	0.189	1878	0.192	2002	0.969	0.98	98.5015	0.199
5.082-5.839	0.314	93	0.221	1658	0.226	1765	0.959	0.978	99.2068	0.228
5.839-7.083	0.376	68	0.244	1433	0.25	1505	0.933	0.972	99.7342	0.248
7.083-9.741	0.194	62	0.183	1121	0.183	1189	0.976	0.981	99.4954	0.198
9.741-29.554	0.194	45	0.205	649	0.204	738	0.977	0.976	94.0379	0.216

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