[日本語] English
万見
- PDB-9vnn: Cryo-EM structure of hnRAC1-2,8homobeta fibril -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vnn
タイトルCryo-EM structure of hnRAC1-2,8homobeta fibril
要素GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
キーワードPROTEIN FIBRIL / beta amino acid modified peptide
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Li, Y.S. / Li, D.N. / Dai, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nano Lett / 年: 2026
タイトル: Conformational Adaptability and Thermostability in α/β-Peptide Fibrils Induced by β-Amino Acid Substitution.
著者: Yingshan Li / Danni Li / Yuxuan Yao / Kaien Liu / Qinyue Zhao / Yiling Zhang / Yongyi Xu / Dan Li / Bo Sun / Cong Liu / Bin Dai /
要旨: The self-assembly of peptides into amyloid fibrils enables the design of functional biomaterials, yet the conformational constraints of α-peptides limit the attainable supramolecular diversity. ...The self-assembly of peptides into amyloid fibrils enables the design of functional biomaterials, yet the conformational constraints of α-peptides limit the attainable supramolecular diversity. Here, we introduce β-amino acids, β-phenylalanine (β-Phe), and β-homophenylalanine (β-hPhe) into the reversible fibril-forming core sequence hnRAC1 to generate α/β-peptide variants with distinct architectures and enhanced thermal stability. Cryo-EM reveals that β-modified peptides assemble into polymorphic fibrils with cross-β structures that differ markedly from each other and from native hnRAC1. Comparative structural analysis indicates that backbone extension by β-residues increases subunit conformational heterogeneity, enabling tighter packing and formation of more thermostable fibrils. Examination of intra- and intermolecular contacts shows that enhanced π-π stacking, hydrophobic interactions, hydrogen bonds, and electrostatic interactions likely contribute to fibril stabilization. These results show that minimal backbone modifications can remodel amyloid architecture, offering a generalizable strategy for designing structurally diverse and robust peptide-based biomaterials.
履歴
登録2025年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
A: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
B: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
C: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
D: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
E: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
F: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
N: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
H: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
I: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
J: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
K: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
L: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
M: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
a: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
O: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
Q: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
S: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
U: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
W: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
Y: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
o: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
c: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
e: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
g: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
i: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
k: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
m: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
b: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
P: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
R: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
T: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
V: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
X: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
Z: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
p: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
d: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
f: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
h: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
j: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
l: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY
n: GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,30142
ポリマ－38,30142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
GLY-3FB-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-3FB-GLY


分子量: 911.917 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of hnRAC1-2,8homobeta fibril / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 178.98 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19197 / 対称性のタイプ: HELICAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る