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万見
- PDB-9vnj: Crystal structure of the transmembrane domain of trimeric autotra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vnj
タイトルCrystal structure of the transmembrane domain of trimeric autotransporter adhesin AtaA in complex with the N-terminal domain of TpgA
要素(Trimeric autotransporter ...) x 2
キーワードCELL ADHESION / Outer membrane / Acinetobacter
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / periplasmic space / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Outer membrane protein, bacterial / : ...Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pilin-like / BamE-like
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Trimeric autotransporter adhesin- and peptidoglycan-associated protein A / Trimeric autotransporter adhesin AtaA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. Tol 5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yoshimoto, S. / Suzuki, A. / Hiroshige, R. / Hori, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Surf / 年: 2025
タイトル: Insights into the complex formation of a trimeric autotransporter adhesin with a peptidoglycan-binding periplasmic protein.
著者: Yoshimoto, S. / Sasahara, J. / Suzuki, A. / Kanie, J. / Koiwai, K. / Lupas, A.N. / Hori, K.
履歴
登録2025年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Trimeric autotransporter adhesin AtaA
B: Trimeric autotransporter adhesin- and peptidoglycan-associated protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,64424
ポリマ－26,2212
非ポリマー2,42322
水1,27971
1
A: Trimeric autotransporter adhesin AtaA
B: Trimeric autotransporter adhesin- and peptidoglycan-associated protein A
ヘテロ分子

A: Trimeric autotransporter adhesin AtaA
B: Trimeric autotransporter adhesin- and peptidoglycan-associated protein A
ヘテロ分子

A: Trimeric autotransporter adhesin AtaA
B: Trimeric autotransporter adhesin- and peptidoglycan-associated protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,93172
ポリマ－78,6636
非ポリマー7,26866
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.939, 61.939, 428.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3701-

CA

21A-3710-

MES

31B-201-

CA

41A-3825-

HOH

51A-3832-

HOH

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要素

-
Trimeric autotransporter ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Trimeric autotransporter adhesin AtaA / TAA AtaA / Type 5 secretion system autotransporter AtaA


分子量: 11123.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. Tol 5 (バクテリア)
遺伝子: ataA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7ZP88
#2: タンパク質 Trimeric autotransporter adhesin- and peptidoglycan-associated protein A / TAA- and PGN-associated protein A / TpgA


分子量: 15097.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. Tol 5 (バクテリア)
株: Tol 5 / 遺伝子: tpgA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160PB22

-
非ポリマー , 6種, 93分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 35% PEG 400, 0.2 M MES, 0.4 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→37.9246 Å / Num. obs: 10168 / % possible obs: 98.45 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 45.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.9 % / Num. unique obs: 477 / CC1/2: 0.971 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GR7

2gr7


解像度: 2.6→37.9246 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 495 4.87 %
Rwork0.1945 --
obs0.1969 10168 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.9246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 145 71 1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1692279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.605678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6004-2.8620.30291220.20682304X-RAY DIFFRACTION97
2.862-3.27590.27481200.19182383X-RAY DIFFRACTION98
3.2759-4.12650.20041130.17832448X-RAY DIFFRACTION100
4.1265-37.92460.24651400.20462538X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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