PDB-9vlh: Crystal structure of Bacillus subtilis DegQ tetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vlh

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis DegQ tetramer

要素

Degradation enzyme regulation protein DegQ

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription regulatory protein

機能・相同性

Degradation enzyme regulation protein DegQ / DegQ (SacQ) family / positive regulation of single-species biofilm formation / Degradation enzyme regulation protein DegQ

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kimura, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Tetrameric structure of Bacillus subtilis DegQ and its predicted interaction with the DegS-DegU two-component system.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Saitou, K. / Kimura, K.

履歴

登録	2025年6月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vlh.cif.gz	81.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vlh.ent.gz	61.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vlh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vlh_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vlh_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	9vlh_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	9vlh_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/9vlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/9vlh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9vliC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Degradation enzyme regulation protein DegQ

B: Degradation enzyme regulation protein DegQ

C: Degradation enzyme regulation protein DegQ

D: Degradation enzyme regulation protein DegQ

E: Degradation enzyme regulation protein DegQ

F: Degradation enzyme regulation protein DegQ

G: Degradation enzyme regulation protein DegQ

H: Degradation enzyme regulation protein DegQ

44.4 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Degradation enzyme regulation protein DegQ

B: Degradation enzyme regulation protein DegQ

C: Degradation enzyme regulation protein DegQ

D: Degradation enzyme regulation protein DegQ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.2 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Degradation enzyme regulation protein DegQ

F: Degradation enzyme regulation protein DegQ

G: Degradation enzyme regulation protein DegQ

H: Degradation enzyme regulation protein DegQ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	33.548, 52.271, 53.098
Angle α, β, γ (deg.)	87.443, 89.567, 89.936
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質・ペプチド	Degradation enzyme regulation protein DegQ / Regulatory factor SacQ 分子量: 5555.444 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: Miyagino / 遺伝子: degQ, amyB, sacQ, BSU31720 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99039
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.55 % / 解説: plate-shaped
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15%(v/v) polyethylene glycol 3350, 5 mM magnesium chloride, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 15256 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.349 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 764 / R_pim(I) all: 0.126 / R_rim(I) all: 0.235 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3→38.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 7.031 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.494 / ESU R Free: 0.267 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	780	5.113 %
R_work	0.2196	14476	-
all	0.221	-	-
obs	-	15256	95.344 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.238 Å²	-1.156 Å²	-0.815 Å²
2-	-	-0.471 Å²	-0.558 Å²
3-	-	-	0.641 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2743	0	0	86	2829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.907	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.493	1.842	6591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.86	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.479	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.814	10	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.059	10	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.621	4.03	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.62	4.03	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.029	7.153	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.028	7.156	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.087	4.854	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.085	4.857	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.937	8.623	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.935	8.625	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.641	40.182	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.639	40.196	3190

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.321	51	0.241	914	0.245	1169	0.946	0.967	82.5492	0.212
2.36-2.424	0.249	54	0.242	1008	0.242	1163	0.968	0.968	91.3156	0.214
2.424-2.494	0.338	24	0.236	1014	0.238	1098	0.966	0.97	94.5355	0.206
2.494-2.57	0.186	51	0.212	982	0.211	1094	0.98	0.975	94.4241	0.187
2.57-2.654	0.315	60	0.215	922	0.221	1032	0.953	0.974	95.155	0.199
2.654-2.747	0.229	40	0.206	977	0.207	1049	0.966	0.977	96.9495	0.189
2.747-2.85	0.3	64	0.204	887	0.21	974	0.948	0.975	97.6386	0.192
2.85-2.966	0.276	42	0.217	886	0.22	952	0.951	0.973	97.479	0.206
2.966-3.097	0.201	35	0.212	868	0.211	921	0.973	0.977	98.0456	0.212
3.097-3.247	0.216	43	0.236	787	0.235	842	0.972	0.975	98.5748	0.235
3.247-3.421	0.304	36	0.231	788	0.234	836	0.94	0.978	98.5646	0.234
3.421-3.627	0.244	42	0.227	731	0.228	785	0.97	0.979	98.4713	0.231
3.627-3.875	0.226	52	0.188	664	0.191	727	0.981	0.981	98.4869	0.199
3.875-4.181	0.205	51	0.173	640	0.175	699	0.982	0.983	98.8555	0.191
4.181-4.575	0.308	27	0.171	570	0.177	611	0.946	0.982	97.7087	0.198
4.575-5.106	0.246	35	0.182	512	0.186	571	0.969	0.982	95.7968	0.216
5.106-5.878	0.283	27	0.28	465	0.28	512	0.971	0.968	96.0938	0.323
5.878-7.157	0.328	19	0.336	385	0.336	427	0.968	0.959	94.6136	0.377
7.157-9.947	0.248	12	0.31	296	0.308	332	0.981	0.98	92.7711	0.391
9.947-38.1	0.284	15	0.304	180	0.303	202	0.976	0.969	96.5347	0.496

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