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- PDB-9vkn: Crystal structure of DhdR in complex with inducer L2HG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vkn
タイトルCrystal structure of DhdR in complex with inducer L2HG
要素Pyruvate dehydrogenase complex repressor
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID / Pyruvate dehydrogenase complex repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Sun, P. / Wang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DhdR in complex with inducer L2HG
著者: Sun, P. / Wang, B.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
B: Pyruvate dehydrogenase complex repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3738
ポリマ－32,8752
非ポリマー4986
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.984, 126.984, 39.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase complex repressor / DhdR


分子量: 16437.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter denitrificans (バクテリア)
遺伝子: FOC81_30220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N0JVZ6
#2: 化合物 ChemComp-S2G / (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID / L-2-ヒドロキシグルタル酸


分子量: 148.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.8 M Ammonium phosphate monobasic; 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→90.18 Å / Num. obs: 16262 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 35.62 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.24→2.37 Å / % possible obs: 94 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Num. measured all: 28584 / Num. unique obs: 2200 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.197 / Rrim(I) all: 0.707 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→24.81 Å / SU ML: 0.2154 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2142 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 639 5.04 %
Rwork0.1981 12035 -
obs0.2003 12674 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 24 28 2206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97682991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0499357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4299769
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.620.26131230.21852352X-RAY DIFFRACTION99.6
2.62-2.890.27411060.23552386X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.30.31331290.23632370X-RAY DIFFRACTION99.96
3.3-4.160.22591380.18732390X-RAY DIFFRACTION99.37
4.16-24.810.21811430.1812537X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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