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万見
- PDB-9vg5: NMR Solution Structure of the Monomeric Catalytic C-terminal Lobe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vg5
タイトルNMR Solution Structure of the Monomeric Catalytic C-terminal Lobe of the E6AP HECT E3 Ubiquitin Ligase
要素Ubiquitin-protein ligase E3A
キーワードLIGASE / HECT ligase / E6AP / E3 ligase / C-lobe
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / androgen receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / postsynaptic cytosol / protein K48-linked ubiquitination / ovarian follicle development ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / androgen receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / postsynaptic cytosol / protein K48-linked ubiquitination / ovarian follicle development / protein autoubiquitination / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of protein ubiquitination / proteasome complex / response to progesterone / regulation of circadian rhythm / brain development / regulation of synaptic plasticity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / synaptic vesicle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-protein ligase E3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Dag, C. / Lambert, M. / Lohr, F. / Lee, W. / Kazar, A.E. / Dotsch, V.
資金援助 トルコ, 1件
組織認可番号国
Other governmentTUBITAK 122Z747 トルコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR Solution Structure of the Monomeric Catalytic C-terminal Lobe of the E6AP HECT E3 Ubiquitin Ligase
著者: Dag, C. / Lambert, M. / Lohr, F. / Lee, W. / Kazar, A.E. / Dotsch, V.
履歴
登録2025年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-protein ligase E3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1741
ポリマ－13,1741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-protein ligase E3A / E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6- ...E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6-associated protein / Oncogenic protein-associated protein E6-AP / Renal carcinoma antigen NY-REN-54


分子量: 13174.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic23D HN(CA)CO
141isotropic43D HN(CA)CB
151isotropic23D HN(COCA)CB
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic43D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM NaPi, 100 mM NaCl, 0.15 mM DSS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O
詳細: 0.4mM e6AP C lobe 20mM NaPi pH7.7, 100mM NaCl, 5% D2O 0.15mM DSS, 5mM DTT
Label: 13C_15N_E6AP_HECT C-lobe / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMNaPinatural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
0.15 mMDSSnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 13C_15N_E6AP_HECT C-lobe / pH: 7.7 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO12003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8004
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7005

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解析

NMR software
名称開発者分類
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Lee精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leechemical shift assignment
Pokypeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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