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万見
- PDB-9vfe: Solution structure of XPC binding domain of hHR23B (apo form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vfe
タイトルSolution structure of XPC binding domain of hHR23B (apo form)
要素UV excision repair protein RAD23 homolog B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metal-free form
機能・相同性
機能・相同性情報


XPC complex / DNA damage sensor activity / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to interleukin-7 / proteasome binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / embryonic organ development / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding ...XPC complex / DNA damage sensor activity / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to interleukin-7 / proteasome binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / embryonic organ development / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain ...RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
UV excision repair protein RAD23 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / matrix relaxation
データ登録者Xiao, T. / He, D. / Kelly, M.J.S. / Chang, C.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: RAD23B acquires a copper metalloadaptor function in amphibian-to-reptile evolution to increase metabolism and regulate genomic integrity.
著者: Xiao, T. / He, D. / Liu, D. / Jia, S. / Chen, Q. / Silverman, D. / Maitra, N. / Huang, A.Y. / Pezacki, A. / Nguyen, T.T. / Rao, G. / Tillage, R. / Deng, K. / Weinshenker, D. / Britt, R.D. / ...著者: Xiao, T. / He, D. / Liu, D. / Jia, S. / Chen, Q. / Silverman, D. / Maitra, N. / Huang, A.Y. / Pezacki, A. / Nguyen, T.T. / Rao, G. / Tillage, R. / Deng, K. / Weinshenker, D. / Britt, R.D. / Kelly, M.J.S. / Dan, Y. / Chang, C.J.
履歴
登録2025年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UV excision repair protein RAD23 homolog B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0711
ポリマ－8,0711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 UV excision repair protein RAD23 homolog B / HR23B / hHR23B / XP-C repair-complementing complex 58 kDa protein / p58


分子量: 8071.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54727
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic1CBCANH
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic13D C(CO)NH
161isotropic23D (H)CCH-TOCSY
171isotropic23D 1H-13C NOESY
181isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UV excision repair protein RAD23 homolog B, 20 mM sodium phosphate, 160 mM sodium chloride, 95% H2O/5% [U-100% 2H] D2O
Label: 13C, 15N_WT / 溶媒系: 95% H2O/5% [U-100% 2H] D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMUV excision repair protein RAD23 homolog B[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
160 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態詳細: 20 mM sodium phosphate, 160 mM NaCl, pH 7.4 / イオン強度: 160 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIH3.7.0.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANA3.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich now ARTINA/NMRtist: assignments. ARTINA can be used by non-experts, reducing the effort for a protein assignment or structure determination by NMR essentially to the preparation of the sample and the spectra measurements. Klukowski, P., Riek, R. and Guentert, P. Rapid protein assignments and structures from raw NMR spectra with the deep learning technique ARTINA (2022). Nature Communications 13, 6151peak picking
TopSpin4Bruker Biospincollection
TopSpin4.2Bruker Biospin解析
精密化手法: matrix relaxation / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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