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- PDB-9ved: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ved
タイトルThe cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex
要素
  • Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor
  • Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Piezo1 / mechanosensitive channel / MDFI
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / trophoblast giant cell differentiation / embryonic skeletal system morphogenesis / dorsal/ventral axis specification / maintenance of protein location in cell / positive regulation of integrin activation / detection of mechanical stimulus / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / mechanosensitive monoatomic ion channel activity ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / trophoblast giant cell differentiation / embryonic skeletal system morphogenesis / dorsal/ventral axis specification / maintenance of protein location in cell / positive regulation of integrin activation / detection of mechanical stimulus / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of JNK cascade / positive regulation of myotube differentiation / negative regulation of Wnt signaling pathway / lamellipodium membrane / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein sequestering activity / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit ...MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / Green fluorescent protein / MyoD family inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Zhang, Y. / Dai, F.
資金援助 中国, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022ZD0207400 中国
Australian Research Council (ARC)FT220100159 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2026
タイトル: MDFIC2 is a sensory neuron-specific PIEZO channel auxiliary subunit
著者: Zhang, Y. / Dai, F.
履歴
登録2025年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
C: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
B: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
F: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor
D: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor
E: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,049,8306
ポリマ－1,049,8306
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein / Protein FAM38A


分子量: 322403.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: Piezo1, Fam38a, GFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E2JF22, UniProt: P42212
#2: タンパク質 Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor / Myogenic repressor I-mf


分子量: 27539.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mdfi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P70331
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
31Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 49.41 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2PHENIX1.18.2_3874モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56377 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01230075
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96140800
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.3884026
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0534683
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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