PDB-9veb: Cryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT mutant L60C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9veb

タイトル

Cryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT mutant L60C

要素

Aspartate/alanine antiporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / amino acid / antiporter / elevator mechanism

機能・相同性

YidE/YbjL duplication / Aspartate-alanine antiporter / Predicted Permease Membrane Region / : / antiporter activity / identical protein binding / plasma membrane / Aspartate/alanine antiporter

機能・相同性情報

生物種

Tetragenococcus halophilus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å

データ登録者

Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. ...

資金援助

日本, 5件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K07653	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05779	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23K05004	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP23ama121019	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP23ama121038	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure and molecular mechanism of the aspartate:alanine antiporter AspT from Tetragenococcus halophilus
著者: Nanatani, K. / Kanno, R. / Kawabata, T. / Watanabe, S. / Hidaka, M. / Yamanaka, T. / Toda, K. / Fujiki, T. / Kunii, K. / Miyamoto, A. / Chiba, F. / Ogasawara, S. / Murata, T. / Humbel, B.M. / ...

履歴

登録	2025年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9veb.cif.gz	205.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9veb.ent.gz	162.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9veb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9veb_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9veb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9veb_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	9veb_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/9veb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/9veb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	64996MC 38731C 38849C 64982C 8xw5C 8y1xC 9vdcC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate/alanine antiporter

B: Aspartate/alanine antiporter

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Aspartate/alanine antiporter 分子量: 57977.789 Da / 分子数: 2 / 変異: L60C / 由来タイプ: 組換発現詳細: A purification His-tag (Hisx6) was inserted between L331 and K332; however, this His-tag was not observed in the current map and is not included in the model. 由来: (組換発現) Tetragenococcus halophilus (バクテリア) 株: D10 / 遺伝子: aspT / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8L3K8
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Aspartate/alanine antiporter

分子量: 57977.789 Da / 分子数: 2 / 変異: L60C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A purification His-tag (Hisx6) was inserted between L331 and K332; however, this His-tag was not observed in the current map and is not included in the model.
由来: (組換発現)

Tetragenococcus halophilus (バクテリア)
株: D10 / 遺伝子: aspT / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8L3K8

Has protein modification

Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素

名称: aspartate:alanine antiporter AspT mutant - L60C / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.0579 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Tetragenococcus halophilus (バクテリア) / 株: D10

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 6

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid	C₆H₁₃NO₄S	1
2	100 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	0.003 %	Lauryl maltose neopentyl glycol	C₄₇H₈₈O₂₂	1

試料

濃度: 6.14 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6000

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	crYOLO	粒子像選択
4	RELION	CTF補正
10	RELION	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	分類
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1634276

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250605 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

精密化

最高解像度: 3.56 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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