[日本語] English
万見
- PDB-9vca: Binding site between C-reactive protein and c2cc monoclonal antibody -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vca
タイトルBinding site between C-reactive protein and c2cc monoclonal antibody
要素
  • C-reactive protein
  • Monoclonal IgG antibody heavy chain fragment
  • Monoclonal IgG antibody light chain fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / c-reactive protein / CRP / monoclonal antibody / immune complex / IgG
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / vasoconstriction / choline binding / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / vasoconstriction / choline binding / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of superoxide anion generation / acute-phase response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-reactive protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus albula (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Moiseenko, A.V. / Kalikin, A.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of pentameric C-reactive protein in complex with monoclonal IgG antibodies.
著者: Andrey V Moiseenko / Alexander V Kalikin / Philipp S Orekhov / Nadezhda A Byzova / Anatoly V Zherdev / Konstantin V Shaitan / Boris B Dzantiev / Olga S Sokolova /
要旨: C-reactive protein (CRP) plays a central role in innate immunity and serves as a key biomarker of inflammation. Despite its clinical importance, the structural basis of CRP interactions with ...C-reactive protein (CRP) plays a central role in innate immunity and serves as a key biomarker of inflammation. Despite its clinical importance, the structural basis of CRP interactions with antibodies remains poorly characterized. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we resolved the structure of immune complexes formed between pentameric CRP and monoclonal immunoglobulin G (IgG) antibodies at up to 2.4 Å resolution. The complexes display a barrel-shaped architecture, with two CRP pentamers bridged by three to five antibodies. We built an atomic model of the CRP-antibody interface, identifying a binding site on the A-face of CRP mediated exclusively by hydrogen bonds, without salt-bridge formation. These findings provide structural insights into CRP-IgG recognition and offer a basis for the rational design of improved antibodies.
履歴
登録2025年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: C-reactive protein
H: Monoclonal IgG antibody heavy chain fragment
L: Monoclonal IgG antibody light chain fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1043
ポリマ－96,1043
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 C-reactive protein


分子量: 23068.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRP, PTX1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02741
#2: 抗体 Monoclonal IgG antibody heavy chain fragment


分子量: 49078.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus albula (ハツカネズミ)
発現宿主: Mus musculus albula (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Monoclonal IgG antibody light chain fragment


分子量: 23957.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus albula (ハツカネズミ)
発現宿主: Mus musculus albula (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Asymmetric unit of D5-symmetric complex composed of two pentameric C-reactive proteins interlinked with five monoclonal IgG antibodiesCOMPLEXall0RECOMBINANT
2Human C-reactive proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Monoclonal antibodyCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Mus musculus albula (ハツカネズミ)947985
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Mus musculus albula (ハツカネズミ)947985
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.6), containing 150 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The specimen contains the both interacting compounds, C-reactive protein and monoclonal IgG antibodies in final concentrations 1 mg/mL. To reach immune complexes formation, equal volumes of C- ...詳細: The specimen contains the both interacting compounds, C-reactive protein and monoclonal IgG antibodies in final concentrations 1 mg/mL. To reach immune complexes formation, equal volumes of C-reactive protein and monoclonal IgG antibodies solutions with concentrations of 2 mg/mL each were mixed and incubated for 1 hour at room temperature.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.6粒子像選択Template picker based on manually selected subset
4cryoSPARC4.6CTF補正Patch CTF estimation
7Coot0.9モデルフィッティングSequence replacement, rigid body fitting, combining models
9ISOLDE1.8モデル精密化MDFF optimization
10PHENIX1.2モデル精密化Real space refinement on ISOLDE model restrained on itself
11cryoSPARC4.6初期オイラー角割当Ab-initio without symmetry
12cryoSPARC4.6最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.6３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 286000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1434575
詳細: The resolution estimated within a soft mask covering one pCRP chain and one Fab fragment. The number of particles provided after the D5 symmetry expansion
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-ID
13HC3

3hc3

3HC3IgG antibody as a reference model for sequence replacement1
27PKE

7pke

7PKE2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 27.27 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00613488
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.81944745
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0535516
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071601
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.26691228

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る