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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9var
タイトルCrystal structure of Cu-bound artificial metalloprotein incorporating a TP ligand
要素dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / noncanonical amino acids
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.862 Å
データ登録者Lee, Y.J. / Song, W.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2025-00523130 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2021-NR060082 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cu-bound artificial metalloprotein incorporating a TP ligand
著者: Lee, Y.J. / Song, W.J.
履歴
登録2025年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
C: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
D: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,87111
ポリマ－88,4754
非ポリマー3967
水3,009167
1
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3885
ポリマ－44,2372
非ポリマー1503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
2
C: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
D: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4846
ポリマ－44,2372
非ポリマー2464
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.582, 72.741, 63.520
Angle α, β, γ (deg.)90.047, 113.492, 89.894
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3 / 5-epimerase / dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3 / dTDP-6-deoxy-D- ...Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3 / 5-epimerase / dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3 / dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3 / dTDP-L-rhamnose synthase


分子量: 22118.723 Da / 分子数: 4 / 変異: R79 mutation / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: rmlC, MTH_1790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O27818, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M CHES, 0.2M NaCl, 1.1M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2025年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.862→29.13 Å / Num. obs: 18157 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.33 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.75
反射 シェル解像度: 2.862→2.964 Å / Num. unique obs: 1763 / CC1/2: 0.956 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.862→29.13 Å / SU ML: 0.3453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.1896
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 908 5.01 %
Rwork0.2248 17231 -
obs0.2272 18139 92.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.862→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6086 0 99 167 6352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45368574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.23512340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.862-3.040.2951540.26482932X-RAY DIFFRACTION94.46
3.04-3.280.32581570.2522980X-RAY DIFFRACTION97.39
3.28-3.60.31661500.23722843X-RAY DIFFRACTION91.75
3.6-4.120.26661360.21542583X-RAY DIFFRACTION84.81
4.12-5.190.24691520.18432892X-RAY DIFFRACTION92.05
5.19-29.130.24421590.23893001X-RAY DIFFRACTION97.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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