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万見
- PDB-9va0: Solution NMR structures of hTERT DNA G-quadruplexes (G4s) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9va0
タイトルSolution NMR structures of hTERT DNA G-quadruplexes (G4s) in complex with small molecule CPT-11
要素DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
キーワードDNA / G-quadruplexes / Topoisomerase I / CPT-11 / Irinotecan
機能・相同性Chem-CP0 / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Zeng, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026
タイトル: Dual targeting of topoisomerase I and DNA G-quadruplexes enhances senescence and chemosensitivity in colorectal cancer.
著者: Li, Y. / Ji, D. / Jia, Y. / Liang, Y. / Wei, E. / Gao, C. / Li, Y. / Zeng, C. / Wang, L. / Wang, C. / Guo, Z. / Zhang, Y. / Zhou, M.M. / Wu, D. / Zeng, L.
履歴
登録2025年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6034
ポリマ－6,9381
非ポリマー6653
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 6938.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CP0 / (4S)-4,11-DIETHYL-4-HYDROXY-3,14-DIOXO-3,4,12,14-TETRAHYDRO-1H-PYRANO[3',4':6,7]INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-9-YL 1,4'-BIPIPERIDINE-1'-CARBOXYLATE / IRINOTECAN / CPT-11


分子量: 586.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
132isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM potassium phosphate, 70 mM potassium chloride, 100% D2Osample-d2o#1100% D2O
solution220 mM potassium phosphate, 70 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2Osample-h2o#290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
70 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
70 mMpotassium chloridenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1null Not definedcondition#2986.51 atm298 K
2null Not definedcondition#2886.51 atm288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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