PDB-9v91: Cryo-EM structure of renal amyloid fibril from an immunoglobulin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9v91

タイトル

Cryo-EM structure of renal amyloid fibril from an immunoglobulin light chain amyloidosis patient in polymorph B

要素

IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Amyloid fibril

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhao, K. / Yu, C.Y. / Ma, Y.Y. / Huang, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of renal amyloid fibril from an immunoglobulin light chain amyloidosis patient in polymorph B
著者: Zhao, K. / Yu, C.Y. / Ma, Y.Y. / Huang, H.

履歴

登録	2025年5月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月24日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9v91.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9v91.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9v91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/9v91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/9v91	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	64858MC 9v8z PDB 未公開エントリ 9x45 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

B: IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

C: IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

D: IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

E: IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

F: IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3

68.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: 抗体	IG c956_light_IGLV1-44_IGLJ3 分子量: 11364.423 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5C2GJC2
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: immunoglobulin light chain IGLV1-44 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影	電子線照射量: 56 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: NONE
らせん対称	回転角度/サブユニット: 0.87006 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.91514 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成	解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15120 / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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