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- PDB-9v59: Crystal structure of calcium indicator WHaloCaMP1a labeled with B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v59
タイトルCrystal structure of calcium indicator WHaloCaMP1a labeled with BD566-HTL substrate
要素WHaloCaMP1a
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / calcium indicator
機能・相同性: / alpha-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種Escherichia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.175 Å
データ登録者Zhang, K. / Chen, Z.X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2021YFF0502904 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)W2412031 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal strcture of calcium indicator WHaloCaMP1a labeled with BD566-HTL substrate
著者: Zhang, K.
履歴
登録2025年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WHaloCaMP1a
B: WHaloCaMP1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,17723
ポリマ－106,6842
非ポリマー3,49321
水7,062392
1
A: WHaloCaMP1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,17812
ポリマ－53,3421
非ポリマー1,83611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
2
B: WHaloCaMP1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,99811
ポリマ－53,3421
非ポリマー1,65610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.936, 94.184, 76.041
Angle α, β, γ (deg.)90, 101.34, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 AB

#1: タンパク質 WHaloCaMP1a


分子量: 53341.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
#2: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 404分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1EQX / 2-[3,6-bis[(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-1H-xanthen-9-yl]-4-[2-(2-hexoxyethoxy)ethylcarbamoyl]benzoic acid


分子量: 739.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H53N3O8
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, Ammonium acetate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: STFC Large Pixel Detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42186 / % possible obs: 92.96 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 8.71
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique obs: 2184 / CC1/2: 0.492 / Rpim(I) all: 0.576 / Rrim(I) all: 0.992 / % possible all: 48.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549: ???精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.175→32.795 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 1982 -
Rwork0.2053 --
obs0.2075 41853 92.99 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.175→32.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7174 0 154 392 7720
LS精密化 シェル解像度: 2.175→2.253 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3007 --
Rwork0.2499 --
obs-2185 48.77 %
精密化 TLSOrigin x: 12.2722 Å / Origin y: 5.1577 Å / Origin z: 3.5866 Å
111213212223313233
T0.093 Å2-0.036 Å20.0105 Å2-0.1076 Å20.0263 Å2--0.1208 Å2
L0.5506 °2-0.1465 °2-0.1125 °2-0.5104 °20.0701 °2--0.6535 °2
S0.0063 Å °-0.0458 Å °0.0201 Å °-0.0458 Å °0.0011 Å °0.078 Å °0.0201 Å °0.078 Å °-0.0031 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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