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- PDB-9utk: Monoclinic crystal structure of acid-stable protracted insulin (293 K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9utk
タイトルMonoclinic crystal structure of acid-stable protracted insulin (293 K)
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / Diabetes / Insulin / Structural biology / Molecular dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / regulation of protein secretion / Insulin processing / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst ...negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / regulation of protein secretion / Insulin processing / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / activation of protein kinase B activity / negative regulation of protein secretion / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein localization to plasma membrane / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / endosome lumen / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / wound healing / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / cognition / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Ayan, E. / Demirci, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Small Struct / 年: 2025
タイトル: Triple Calcium Binding Stoichiometry in the Monoclinic Crystal Form of Protracted Insulin
著者: Ayan, E. / Engilberge, S. / Yokoi, S. / Orlans, J. / de Sanctis, D. / Basu, S. / Rive-Mathieu, E. / Kepceoglu, A. / Mitsutake, A. / Demirci, H.
履歴
登録2025年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
I: Insulin A chain
J: Insulin B chain
K: Insulin A chain
L: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,45025
ポリマ－34,56412
非ポリマー88713
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18670 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.730, 62.220, 56.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin A chain


分子量: 2326.647 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 5種, 53分子

#3: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL


分子量: 94.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM CaCl2 buffered in 100mM Tris-HCl pH 8,5, 30% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 8% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.56 Å / Num. obs: 16759 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.825 / Net I/σ(I): 5.71
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 1293 / CC1/2: 0.559
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→19.56 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 33.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3024 1018 8.7 %
Rwork0.2486 --
obs0.2533 11707 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 49 40 2404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4373270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.052825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.460.343880.3154975X-RAY DIFFRACTION87
2.46-2.560.3768950.30431002X-RAY DIFFRACTION90
2.56-2.680.3354970.30191011X-RAY DIFFRACTION90
2.68-2.820.35181010.29971057X-RAY DIFFRACTION94
2.82-30.31821040.27961069X-RAY DIFFRACTION96
3-3.230.30451040.27221086X-RAY DIFFRACTION97
3.23-3.550.31621050.26321099X-RAY DIFFRACTION97
3.55-4.060.28331060.22011116X-RAY DIFFRACTION98
4.06-5.10.26271050.21031124X-RAY DIFFRACTION99
5.1-100.29241130.22461150X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.09555.58411.34218.6302-0.53585.94280.61220.83150.2311.5838-0.89412.376-2.1836-1.86370.02330.67150.18830.21870.5616-0.02780.4833-35.9518-10.8248-5.6638
24.35973.34532.05514.7945-2.11237.0752-0.1335-0.51480.35620.9529-0.2014-0.0999-0.3876-1.10550.16880.6510.07990.08590.27610.09810.5342-31.5278-13.7908-0.6819
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44.2946-0.03540.12627.18970.71336.2301-0.34150.1427-0.1626-0.16310.48780.53060.69590.0775-0.03340.2943-0.00960.01080.26330.03750.1734-28.065-15.2731-11.5785
58.5398-2.86264.20755.1757-2.77383.5534-0.50540.5740.3223-0.007-0.02711.3959-0.5537-0.00630.55970.3261-0.1899-0.12780.78440.28310.7075-35.2623-12.3391-15.6451
66.746.47382.81826.36723.75648.7995-0.2213-1.0038-2.49311.27060.7985-0.7218-0.720.4308-0.33760.5062-0.00920.03860.3820.12350.7094-14.2198-36.3072-10.3285
78.4202-3.1371-3.62225.65320.59661.95570.40991.21160.5962-2.06560.10620.10831.3887-0.7424-0.49190.8755-0.0668-0.08490.390.14570.4232-19.7674-34.9406-14.5998
87.6997-3.32240.55396.6772-0.91586.84320.186-0.4691-0.681-0.2790.17541.37240.3525-0.1475-0.12740.5033-0.01330.05690.20230.06410.4682-22.9094-34.1011-3.4267
96.74722.5964-3.76931.7845-1.79612.2879-0.0616-0.0509-0.17830.01260.08390.11530.42270.39570.15060.36330.0468-0.05070.280.00270.3333-16.5421-26.2131-7.1178
107.696-7.05432.90278.0570.75218.4249-0.50911.2121-0.8243-0.9905-0.38160.70342.3237-0.81960.65771.0343-0.0587-0.07050.7476-0.15210.1908-25.8826-22.2831-30.1187
118.2322-4.95690.16599.36330.37380.0430.61441.46730.2702-2.1746-0.3934-0.58290.4213-0.5195-0.23560.79320.1611-0.00510.43050.04090.2847-24.8531-14.1764-30.1506
123.6770.25180.39726.90081.1913.8544-0.3045-0.08090.3523-0.66340.34290.8024-0.1057-0.2186-0.10830.211-0.03690.05210.26810.04030.2384-24.3514-17.6675-20.6041
131.61870.18910.16830.0729-0.21921.18780.08371.0381-0.1695-0.4946-0.9380.38930.0009-0.43550.4810.17670.1505-0.09930.7949-0.25030.71-32.8413-20.2217-22.7487
146.2217-1.44921.66193.8752-2.35695.7078-1.0351-0.98541.41660.08850.7011-1.4872-0.29870.72690.11210.79980.10060.13080.3839-0.12790.6119-14.12323.6738-12.1178
150.2585-0.0840.07810.0302-0.02650.02460.1606-0.1353-0.03030.8745-0.08580.1099-0.101-0.1044-0.08790.6481-0.08950.34390.05420.48210.8162-20.98232.2363-13.0686
161.3619-1.9856-1.32325.38565.33296.0025-0.2034-0.0031-0.1723-0.7688-0.28420.1865-0.2472-0.54760.06380.61520.0871-0.0140.17330.10140.3376-15.45851.4182-23.3124
175.9456-0.5172-3.09365.7374-2.44983.20830.0436-0.1951-0.1086-0.3310.2394-0.04020.52920.6318-0.30410.2789-0.0039-0.04980.2470.08150.3238-14.1857-6.5942-14.861
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192.287-2.717-1.24218.28174.94153.0535-0.3226-2.1745-0.53882.517-0.1547-0.53150.50711.82790.32110.6603-0.064-0.06410.89830.09210.4366-12.9171-14.39826.9756
203.44410.238-3.39293.9735-0.25193.34430.3909-1.3393-0.19740.29940.0456-1.0041-0.0781-1.468-0.55520.5036-0.0092-0.08330.8318-0.1260.4663-10.1997-9.1063.0909
217.7337-7.014-4.86997.854.5874.50110.1176-0.76551.27750.84080.6028-2.55870.83781.538-0.98190.5732-0.1547-0.21320.9310.07120.7912-3.3643-18.62622.9221
223.8578-2.6188-4.04773.93431.78165.1295-0.0257-0.7912-0.87850.1323-0.04840.0472-0.02030.61790.04040.3571-0.0309-0.06220.26820.08550.3403-13.8542-18.8964-2.2142
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256.9261-1.3423-0.24954.26271.23147.3638-0.4227-0.09250.1744-0.3756-0.1505-0.247-0.30590.79980.3790.2935-0.01710.0180.1640.07910.183-8.2969-14.3483-16.9973
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 13 through 21 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'J' and (resid 1 through 26 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'K' and (resid 1 through 6 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'K' and (resid 7 through 21 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 1 through 22 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 23 through 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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