PDB-9us6: Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase, terbi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9us6

タイトル

Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase, terbium derivative

要素

Maltohexaose-producing amylase

キーワード

HYDROLASE / glycosyl hydrolase family 13

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase / glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase activity / alpha-glucan catabolic process / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / periplasmic space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.699 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.

履歴

登録	2025年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9us6.cif.gz	282.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9us6.ent.gz	217 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9us6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9us6_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9us6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9us6_validation.xml.gz	54 KB	表示
CIF形式データ	9us6_validation.cif.gz	73.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9us3C 9us4C 9us5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Maltohexaose-producing amylase

B: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
74.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.884, 107.496, 82.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.595, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Maltohexaose-producing amylase 分子量: 74270.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9RHR1, glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION 分子量: 158.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 詳細: 8% polyethylene glycol 3000, 4% polyethylene glycol 3350, 40 mM sodium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.64894 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.64894 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 39283 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.208 / Χ²: 1.142 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3833 / Χ²: 0.957

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.699→46.898 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 11.56 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.344 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	1761	5.005 %
R_work	0.1644	33423	-
all	0.167	-	-
obs	-	35184	98.737 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0 Å²	-0.018 Å²
2-	-	0.029 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.699→46.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10346	0	6	438	10790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	10646
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	9593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.95	1.799	14443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.361	1.773	22083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.147	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.403	10	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.887	10	528
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12961
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	8856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.11	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.079	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.186	3.254	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.186	3.254	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.101	5.846	6493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.101	5.847	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.062	3.319	5446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.062	3.32	5447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.898	6.054	7950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.897	6.055	7951
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.598	29.733	11970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.586	29.754	11950

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.699-2.769	0.312	128	0.231	2378	0.236	2626	0.954	0.973	95.4303	0.206
2.769-2.844	0.264	141	0.21	2331	0.213	2545	0.957	0.976	97.1316	0.184
2.844-2.927	0.275	134	0.211	2282	0.214	2484	0.956	0.975	97.2625	0.184
2.927-3.016	0.255	111	0.193	2231	0.196	2391	0.96	0.979	97.9507	0.167
3.016-3.115	0.25	101	0.184	2207	0.187	2342	0.963	0.979	98.5482	0.16
3.115-3.224	0.274	111	0.169	2118	0.174	2253	0.957	0.982	98.9348	0.149
3.224-3.345	0.198	86	0.157	2071	0.158	2177	0.975	0.986	99.0813	0.141
3.345-3.48	0.21	105	0.163	1994	0.165	2112	0.972	0.984	99.3845	0.148
3.48-3.634	0.204	100	0.158	1908	0.16	2020	0.979	0.987	99.4059	0.147
3.634-3.811	0.206	102	0.163	1803	0.165	1914	0.977	0.987	99.5298	0.155
3.811-4.015	0.215	94	0.147	1753	0.15	1853	0.974	0.988	99.6762	0.139
4.015-4.257	0.175	85	0.135	1642	0.137	1732	0.982	0.989	99.7113	0.13
4.257-4.548	0.206	82	0.145	1568	0.148	1653	0.975	0.988	99.8185	0.143
4.548-4.909	0.225	87	0.141	1424	0.145	1512	0.973	0.989	99.9339	0.136
4.909-5.371	0.169	64	0.139	1355	0.141	1419	0.984	0.99	100	0.133
5.371-5.995	0.229	67	0.162	1210	0.166	1277	0.973	0.987	100	0.156
5.995-6.904	0.222	50	0.164	1091	0.167	1142	0.977	0.986	99.9124	0.157
6.904-8.41	0.162	49	0.158	916	0.158	965	0.979	0.986	100	0.155
8.41-11.707	0.146	44	0.134	709	0.135	755	0.987	0.989	99.7351	0.144
11.707-46.898	0.258	20	0.22	432	0.222	454	0.956	0.972	99.5595	0.239

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)