PDB-9us5: Domain N deletion mutant of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9us5

タイトル

Domain N deletion mutant of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase in complex with maltohexaose

要素

Maltohexaose-producing amylase

キーワード

HYDROLASE / glycosyl hydrolase family 13

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase / glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase activity / alpha-glucan catabolic process / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / periplasmic space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.

履歴

登録	2025年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9us5.cif.gz	133.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9us5.ent.gz	97.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9us5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9us5_validation.pdf.gz	835.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9us5_full_validation.pdf.gz	839.8 KB	表示
XML形式データ	9us5_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	9us5_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9us3SC 9us4C 9us6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.084, 163.084, 139.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-839- HOH

#1: タンパク質

Maltohexaose-producing amylase

分子量: 63797.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9RHR1, glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.0~3.2 M NaCl 1 mM CaCl2 0.1 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→100 Å / Num. obs: 27247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 2.66→2.8 Å / R_merge(I) obs: 1.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3935

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9US3

9us3

解像度: 2.66→43.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 10.21 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	1362	5 %
R_work	0.1818	25880	-
all	0.184	-	-
obs	-	27242	99.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.415 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.024 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.024 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.047 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→43.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4430	0	47	84	4561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	4609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.653	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.14	1.599	9480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.981	5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.395	22.869	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.698	15	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.617	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.144	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.042	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.919	7.363	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.918	7.359	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.633	11.04	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.633	11.044	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.026	7.707	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.014	7.707	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.046	11.427	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.049	11.43	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.261	83.085	5194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.25	83.115	5192

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.66-2.729	0.34	81	0.312	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.804	0.322	97	0.295	1847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.804-2.885	0.261	106	0.254	1762	X-RAY DIFFRACTION	99.9465
2.885-2.974	0.322	87	0.247	1737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.974-3.071	0.313	95	0.249	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.071-3.179	0.26	102	0.218	1601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.179-3.299	0.324	77	0.218	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.299-3.434	0.239	63	0.188	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.434-3.586	0.229	82	0.183	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.586-3.761	0.184	81	0.168	1399	X-RAY DIFFRACTION	99.8651
3.761-3.964	0.186	67	0.166	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.964-4.204	0.23	66	0.154	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.9251
4.204-4.494	0.188	53	0.146	1206	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
4.494-4.854	0.183	56	0.148	1107	X-RAY DIFFRACTION	99.9141
4.854-5.316	0.219	65	0.145	1016	X-RAY DIFFRACTION	100
5.316-5.942	0.197	59	0.168	937	X-RAY DIFFRACTION	100
5.942-6.858	0.143	44	0.162	845	X-RAY DIFFRACTION	100
6.858-8.392	0.152	28	0.148	724	X-RAY DIFFRACTION	100
8.392-11.836	0.192	32	0.157	576	X-RAY DIFFRACTION	100
11.836-43.06	0.397	21	0.263	333	X-RAY DIFFRACTION	95.6757

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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