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- PDB-9us4: Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9us4
タイトルKlebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase in complex with acarbose
要素Maltohexaose-producing amylase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase family 13
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase / glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase activity / alpha-glucan catabolic process / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / periplasmic space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, MalS type / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / beta-acarbose / acarbose-derived trisaccharide / Maltohexaose-producing amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.
#1: ジャーナル: To Be Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2004
タイトル: Expression, crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase.
著者: Momma, M. / Fujimoto, Z.
履歴
登録2025年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltohexaose-producing amylase
B: Maltohexaose-producing amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,05913
ポリマ－148,5422
非ポリマー4,51711
水19,4741081
1
A: Maltohexaose-producing amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7717
ポリマ－74,2711
非ポリマー2,5006
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltohexaose-producing amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2886
ポリマ－74,2711
非ポリマー2,0175
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.913, 108.244, 82.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.765, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Maltohexaose-producing amylase


分子量: 74270.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9RHR1, glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 483.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: acarbose-derived trisaccharide
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 1085分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1081 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2
詳細: 8% polyethylene glycol 3000, 4% polyethylene glycol 3350, 40 mM sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. obs: 94976 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Χ2: 0.925 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4720 / Χ2: 0.905

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9US3

9us3


解像度: 1.95→29.681 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.123 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 4624 4.998 %
Rwork0.1891 87890 -
all0.191 --
obs-92514 97.527 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.005 Å2-0 Å2-0.008 Å2
2--0.013 Å2-0 Å2
3----0.015 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10353 0 301 1081 11735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01310982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0159815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.66814942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.111.59922686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66551300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0522.584596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.697151711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6291559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0450.27
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1750.22131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1640.29670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.25234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0710.24737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0940.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1610.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0990.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.672.7685206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.672.7675205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.224.1456501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.224.1466502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5722.8535776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5722.8545777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0174.2558440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0174.2568441
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.55531.04313027
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.51630.94412944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.0010.2843010.2595235X-RAY DIFFRACTION78.8492
2.001-2.0550.2682950.2256004X-RAY DIFFRACTION92.212
2.055-2.1150.2533390.2186047X-RAY DIFFRACTION97.155
2.115-2.180.2572990.2086095X-RAY DIFFRACTION98.9783
2.18-2.2510.2372900.1955910X-RAY DIFFRACTION99.7266
2.251-2.330.2653270.2025698X-RAY DIFFRACTION99.9668
2.33-2.4180.2352800.2015589X-RAY DIFFRACTION99.983
2.418-2.5170.2222670.1945327X-RAY DIFFRACTION99.9643
2.517-2.6290.2372750.1915089X-RAY DIFFRACTION99.9441
2.629-2.7570.2312800.1924874X-RAY DIFFRACTION99.9418
2.757-2.9060.2322290.1864674X-RAY DIFFRACTION99.9592
2.906-3.0820.2372250.194399X-RAY DIFFRACTION99.9568
3.082-3.2940.232240.1884140X-RAY DIFFRACTION99.9542
3.294-3.5580.2221750.1853902X-RAY DIFFRACTION99.951
3.558-3.8970.2061790.1713553X-RAY DIFFRACTION100
3.897-4.3550.1761600.1533227X-RAY DIFFRACTION99.8526
4.355-5.0270.1881730.1552822X-RAY DIFFRACTION100
5.027-6.1510.2051480.1872396X-RAY DIFFRACTION100
6.151-8.6740.2371010.1961872X-RAY DIFFRACTION100
8.674-29.6810.226570.1891037X-RAY DIFFRACTION96.9858

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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