PDB-9us3: Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9us3

タイトル

Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase

要素

Maltohexaose-producing amylase

キーワード

HYDROLASE / glycosyl hydrolase family 13

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase / glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase activity / alpha-glucan catabolic process / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / periplasmic space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae maltohexaose-producing alpha-amylase.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Momma, M.

履歴

登録	2025年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9us3.cif.gz	294.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9us3.ent.gz	224.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9us3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9us3_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9us3_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	9us3_validation.xml.gz	61.2 KB	表示
CIF形式データ	9us3_validation.cif.gz	85 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9us4C 9us5C 9us6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Maltohexaose-producing amylase

B: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
74.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Maltohexaose-producing amylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.726, 107.839, 82.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.351, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Maltohexaose-producing amylase 分子量: 74270.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9RHR1, glucan 1,4-alpha-maltohexaosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 詳細: 8% polyethylene glycol 3000, 4% polyethylene glycol 3350, 40 mM sodium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.899→100 Å / Num. obs: 101950 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Χ²: 0.942 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.899→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.842 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5084 / Χ²: 0.904

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.899→30.682 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.542 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	4923	4.984 %
R_work	0.1884	93845	-
all	0.19	-	-
obs	-	98768	96.774 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.072 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	-0 Å²	0.007 Å²
2-	-	-0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→30.682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10335	0	4	858	11197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	10665
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.642	14470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.128	1.585	22131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.729	5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.261	22.605	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.138	15	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.23	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	9299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	4433
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.073	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.644	2.743	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.644	2.742	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.174	4.108	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.174	4.109	6489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.507	2.776	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.506	2.776	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.899	4.138	7982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.899	4.138	7982
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.305	30.517	12564
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.28	30.462	12512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.899-1.948	0.27	269	0.241	5195	X-RAY DIFFRACTION	73.0677
1.948-2.001	0.257	339	0.232	6190	X-RAY DIFFRACTION	88.5288
2.001-2.059	0.242	317	0.226	6527	X-RAY DIFFRACTION	95.9753
2.059-2.122	0.246	369	0.211	6466	X-RAY DIFFRACTION	98.6292
2.122-2.192	0.24	340	0.201	6368	X-RAY DIFFRACTION	99.8809
2.192-2.269	0.228	304	0.2	6191	X-RAY DIFFRACTION	99.9692
2.269-2.354	0.232	301	0.199	5952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.354-2.451	0.236	297	0.193	5727	X-RAY DIFFRACTION	99.9834
2.451-2.559	0.233	289	0.192	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.559-2.684	0.227	296	0.189	5238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.684-2.829	0.215	261	0.19	5008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.001	0.219	245	0.183	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.001-3.207	0.21	250	0.179	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.207-3.464	0.192	230	0.179	4159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.464-3.794	0.217	206	0.176	3788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-4.241	0.167	143	0.162	3519	X-RAY DIFFRACTION	99.9727
4.241-4.894	0.189	163	0.162	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.969
4.894-5.989	0.21	125	0.185	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
5.989-8.447	0.218	120	0.19	2013	X-RAY DIFFRACTION	99.9531
8.447-30.682	0.196	59	0.182	1107	X-RAY DIFFRACTION	97.005

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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