PDB-9us2: Crystal structure of YgdH from Neisseria meningitidis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9us2

タイトル

Crystal structure of YgdH from Neisseria meningitidis

要素

Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase with a strong preference for UMP

機能・相同性

機能・相同性情報

: / AMP nucleosidase activity / cytokinin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chen, W.Q. / Yu, L. / Chen, R.Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A combined pseudouridine biomanufacturing platform enabled by a streamlined designer pathway
著者: Chen, W.Q. / Yu, l. / Chen, R.Y. / Wang, Z.Y. / Zeng, X.Y. / Liang, H. / Wang, Z.Q. / He, Y.Y. / She, Y.X. / Wang, Y.F. / Gong, R. / Song, X.M. / Deng, Z.X.

履歴

登録	2025年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9us2.cif.gz	130.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9us2.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9us2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9us2_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9us2_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	9us2_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	9us2_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/9us2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

ヘテロ分子

68.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

ヘテロ分子

C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration showed four times the molecular weight of the monomer
91 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.814, 142.236, 119.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase 分子量: 22712.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: ygdH, CNQ34_05655, COI09_06730, DE8555_0277, ERS514591_00967, ERS514851_00315 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0Y5MUU2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20%(w/v) PEG 6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M citric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月11日
放射	モノクロメーター: Sli111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→62.96 Å / Num. obs: 68487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.059 / Num. unique obs: 9039 / CC_1/2: 0.894 / R_pim(I) all: 0.298 / R_rim(I) all: 0.026 / Χ²: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158)	精密化
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定
PDB_EXTRACT	4.2	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.98 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	3424	5 %
R_work	0.2069	-	-
obs	0.208	68487	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4658	0	13	224	4895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	6476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.459	669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.3441	158	0.3114	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.85	0.3306	158	0.291	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.88	0.3554	135	0.277	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.3159	146	0.2598	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.3001	115	0.2509	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2703	149	0.2339	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.2409	129	0.2369	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2505	140	0.226	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.2788	121	0.2353	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2639	150	0.2389	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.216	140	0.2261	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.27	0.2819	165	0.2159	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.2455	162	0.2294	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.41	0.2675	123	0.2254	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.5	0.2426	119	0.2299	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.6	0.2912	153	0.2285	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.71	0.2665	158	0.2378	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.86	0.2516	132	0.2376	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.03	0.2456	151	0.2272	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.27	0.2233	137	0.223	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.6	0.2162	128	0.2002	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.12	0.1721	164	0.1722	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-5.18	0.1617	127	0.1476	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-24.98	0.1983	164	0.1649	2861	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)