PDB-9upt: Structure of AtBgl1A, a GH1 beta-Glucosidase from Acetivibrio the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9upt

タイトル

Structure of AtBgl1A, a GH1 beta-Glucosidase from Acetivibrio thermocellus

要素

Beta-glucosidase A

キーワード

HYDROLASE / beta-Glucosidase / GH1 / Acetivibrio thermocellus

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.369 Å

データ登録者

Pitchayatanakorn, P. / Kongsaeree, P.T. / Kongsaeree, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2025
タイトル: Structure-Based Engineering to Improve Thermostability of At Bgl1A beta ‐Glucosidase.
著者: Pitchayatanakorn, P. / Putthasang, P. / Chomngam, S. / Jongkon, N. / Choowongkomon, K. / Kongsaeree, P. / Fushinobu, S. / Kongsaeree, P.T.

履歴

登録	2025年4月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9upt.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9upt.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9upt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9upt_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9upt_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	9upt_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	9upt_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/9upt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/9upt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ogzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.51093/xrd-00191 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase A

ヘテロ分子

53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.270, 158.270, 53.962
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Beta-glucosidase A / Beta-D-glucoside glucohydrolase / Cellobiase / Gentiobiase 分子量: 53849.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus ATCC 27405 (バクテリア) 遺伝子: bglA, Cthe_0212 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26208, beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.05 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.2, 10% 2-propanol, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.369→79.26 Å / Num. obs: 31219 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.37→2.46 Å / Num. unique obs: 3319 / CC_1/2: 0.799 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OGZ

5ogz

解像度: 2.369→79.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 6.401 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	1638	5.247 %
R_work	0.1727	29581	-
all	0.175	-	-
obs	-	31219	98.25 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.263 Å²	-0.631 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.263 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.096 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.369→79.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3641	0	6	55	3702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	1.821	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.616	1.773	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.977	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.573	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.541	10	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.415	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	723
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.043	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.14	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.96	4.49	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.96	4.49	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.485	8.066	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.484	8.067	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.162	4.99	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.161	4.991	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.743	8.887	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.742	8.887	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.971	41.718	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.972	41.723	4204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.369-2.43	0.297	132	0.275	2200	0.276	2334	0.947	0.946	99.9143	0.263
2.43-2.497	0.27	109	0.252	2145	0.253	2255	0.944	0.953	99.9557	0.237
2.497-2.569	0.298	105	0.245	2111	0.248	2216	0.947	0.959	100	0.23
2.569-2.648	0.25	113	0.228	2013	0.229	2127	0.961	0.967	99.953	0.208
2.648-2.735	0.3	111	0.241	1681	0.245	2096	0.949	0.966	85.4962	0.212
2.735-2.83	0.249	114	0.203	1906	0.206	2020	0.957	0.976	100	0.181
2.83-2.937	0.257	93	0.193	1836	0.196	1929	0.951	0.977	100	0.175
2.937-3.057	0.287	82	0.192	1791	0.196	1873	0.954	0.977	100	0.174
3.057-3.193	0.224	108	0.173	1695	0.176	1803	0.968	0.981	100	0.16
3.193-3.348	0.23	115	0.177	1614	0.18	1729	0.969	0.981	100	0.168
3.348-3.529	0.262	70	0.169	1328	0.174	1626	0.967	0.985	85.9779	0.163
3.529-3.743	0.19	67	0.17	1475	0.171	1542	0.976	0.985	100	0.169
3.743-4	0.19	68	0.161	1403	0.162	1473	0.982	0.987	99.8642	0.166
4-4.32	0.179	70	0.15	1288	0.152	1361	0.978	0.988	99.7796	0.161
4.32-4.731	0.184	60	0.122	1199	0.124	1261	0.983	0.991	99.8414	0.135
4.731-5.287	0.169	87	0.128	1069	0.131	1157	0.987	0.991	99.9136	0.144
5.287-6.1	0.21	46	0.159	973	0.161	1019	0.974	0.987	100	0.179
6.1-7.46	0.152	37	0.153	817	0.153	855	0.988	0.987	99.883	0.178
7.46-10.504	0.192	37	0.128	652	0.131	690	0.98	0.989	99.8551	0.161
10.504-79.26	0.163	14	0.219	385	0.217	408	0.987	0.969	97.7941	0.346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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