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- PDB-9upd: Crystal structure of human serum albumin complex with nateglinide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9upd
タイトルCrystal structure of human serum albumin complex with nateglinide
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Human serum albumin / nateglinide / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kawai, A. / Nishi, K. / Yamasaki, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Insights into Dual Binding Modes of Nateglinide to Human Serum Albumin
著者: Kawai, A. / Nishi, K. / Tokuno, M. / Otagiri, M. / Yamasaki, K.
履歴
登録2025年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9676
ポリマ－133,1422
非ポリマー8254
水00
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9843
ポリマ－66,5711
非ポリマー4122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9843
ポリマ－66,5711
非ポリマー4122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.450, 180.800, 60.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-A1L9H / (2R)-3-phenyl-2-[(4-propan-2-ylcyclohexyl)carbonylamino]propanoic acid / nateglinide


分子量: 317.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H27NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 32% PEG 3350, 50mM potassium phosphate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.9 Å / Num. obs: 29914 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.19
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 4737 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→47.7 Å / SU ML: 0.5086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 1494 5 %
Rwork0.2474 28369 -
obs0.2494 29863 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8401 0 56 0 8457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43611743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03371354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.12053055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.890.42311310.36282479X-RAY DIFFRACTION95.64
2.89-30.3661360.35792585X-RAY DIFFRACTION100
3-3.120.42381350.37182566X-RAY DIFFRACTION99.89
3.12-3.260.36891360.33252571X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.430.36641360.31732595X-RAY DIFFRACTION99.96
3.43-3.650.28351360.27812586X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.930.31161360.25712584X-RAY DIFFRACTION99.89
3.93-4.320.24111380.2192614X-RAY DIFFRACTION99.89
4.32-4.950.24361360.21082591X-RAY DIFFRACTION99.96
4.95-6.230.30161360.25412580X-RAY DIFFRACTION99.96
6.23-47.70.23611380.18782618X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1725080407-1.082072946030.6760336786521.2250082135-0.08948357408611.59733147102-0.09998719290660.179670474210.0232075859452-0.3623109583650.113294264372-0.00195581253810.3390167944040.0222055695930.0001907598321290.887075652409-0.02509571838850.1448833559870.567995012953-0.04130922964110.4679563337618.75945621074-12.5822105146-7.96866254815
21.25508884383-0.270281903215-0.8198551369581.433764344330.06594911588770.790228719386-0.1638147292690.0543307084423-0.01616557735330.01224081815480.188467806369-0.1607885300920.0650912845426-0.0562373516413-8.51988166126E-50.776951597462-0.0552799102187-0.0113701476210.514878091693-0.01214570333940.4329819632271.677274058572.267567297663.11793057363
31.160961675880.186467219024-0.00627869235672.259218163020.4548247178641.539333789290.0812682607215-0.04159601353250.1131066315410.4781374393860.1880681219240.326029758819-0.2990342404-0.4386228816990.0004011252508440.621123482530.09512500580340.03051124458860.6403610778210.05665017461830.535776218885-19.8850848147-2.7635732235519.3671617777
42.370453238470.6061360909860.1768307384761.86105975033-0.2543599890870.1262828907660.0288181351293-0.3827516403480.3018636111680.23751514639-0.0851988627068-0.1188659793910.1635488931410.0126724437682-4.25049613196E-50.8168845138060.06740228588720.03176021131240.752492512892-0.02686584824530.66360595467312.05688171535.6187728288228.1552467124
51.429869629440.804446969084-0.04485709284520.655513399895-0.3112043024670.381537564546-0.02691922122010.1305684610110.919533245618-0.3409289510110.0553702017281-0.521962919968-0.1713205525570.301824050367-0.0001034112346330.5493724538770.0666879186866-0.07464335983540.651946155754-0.08764358468891.0180115866926.497458035656.263020884317.417427517
60.4952902971410.548707906514-0.02619382138351.06573570595-0.407066195740.312087212724-0.217816822298-0.5105847722010.88501686301-0.3506104781071.04758670611-0.107491980854-0.7246323327230.0935682725540.07181737358420.83387799319-0.05904702634880.05829530495310.924038684972-0.2077460637511.0810476443322.742738581867.555913987314.6187623096
70.2539533580710.439389313659-0.09815271107881.175072587170.0719793545390.1563614631250.128008591610.5006632130280.396204717706-1.14940139057-0.257927734102-0.4926233715190.3222691823750.148354002426-0.0004820098169670.9477852881890.0646573528655-0.1127959692550.888428890297-0.09832592078321.0455599918617.658424221242.38687991354.38794320273
80.6198787622190.234553117534-0.3814368294240.933456078291-0.83504583010.789572073371-0.127642747096-0.1513524095610.00668274903208-0.09008381948370.2066078795420.167818814790.0757544564287-0.1786983703498.74217466709E-50.5310707786280.0376354479904-0.0743577858740.490377592095-0.05101570879910.81124083996114.834145676740.713162957514.1266753316
91.357754624830.000300449818803-0.8790486548391.19202509817-0.1228328027291.193258795250.122829454453-0.3823431737510.02589234410760.3502055377580.04052857050920.09551891404770.129777092240.164415367532-8.07024157006E-50.597782666074-0.0306219595909-0.1079550834560.724739814035-0.007267043538460.7604535063022.1981640421549.66026258836.1824291542
100.49598331988-0.005719661204630.1295441655461.775168964530.6142077771252.954611706130.0105337101615-6.96408854556E-50.0799678509430.0935518305595-0.1989402311770.277415216875-0.222267224231-0.430334978811-0.000497850283710.541364690193-0.02586050930010.01100867568240.6819947792150.1031648618190.881095297598-13.271500567547.651265342118.0624121056
110.2338196262310.12467430674-0.1011943445950.3994022267870.1911450868820.2132305871230.31332404678-0.1990611176670.491260025231-1.00753759049-0.22561724037-0.2765665725580.1151599221360.0913186923750.0002146887742451.07577709462-0.0315403221524-0.07296491810070.7602534644530.004856311336030.768890810288-7.0505333732737.1966237469-6.32553733804
120.07022160837530.296081249512-0.4747570798331.23504389198-1.967780438953.12692203271-0.0347371720111-0.561915803025-0.645799652082-1.3221649119-0.3142228011370.4247794605940.4036552782560.507811453953-0.3699959639481.15335502459-0.19658884076-0.420693800370.939092480537-0.196543655721.24175347936-8.5326225544528.1497291501-11.8476443989
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 104 )AA4 - 1041 - 89
22chain 'A' and (resid 105 through 266 )AA105 - 26690 - 251
33chain 'A' and (resid 267 through 398 )AA267 - 398252 - 383
44chain 'A' and (resid 399 through 573 )AA399 - 573384 - 558
55chain 'B' and (resid 1 through 55 )BB1 - 551 - 55
66chain 'B' and (resid 56 through 102 )BB56 - 10256 - 93
77chain 'B' and (resid 103 through 130 )BB103 - 13094 - 121
88chain 'B' and (resid 131 through 204 )BB131 - 204122 - 195
99chain 'B' and (resid 205 through 342 )BB205 - 342196 - 333
1010chain 'B' and (resid 343 through 500 )BB343 - 500334 - 491
1111chain 'B' and (resid 501 through 540 )BB501 - 540492 - 529
1212chain 'B' and (resid 541 through 571 )BB541 - 571530 - 560

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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