PDB-9uoz: Structure of Echinococcus multilocularis Cystatin B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9uoz

タイトル

Structure of Echinococcus multilocularis Cystatin B

要素

Cystatin B Stefin B

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor

機能・相同性

Proteinase inhibitor I25A, stefin / Cystatin domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytosol / Cystatin B Stefin B

機能・相同性情報

生物種

Echinococcus multilocularis (多包条虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Huang, S.Q. / Hong, W.B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Echinococcus multilocularis Cystatin B
著者: Huang, S.Q. / Hong, W.B.

履歴

登録	2025年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
置き換え	2025年8月20日	ID: 8JOH
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9uoz.cif.gz	180 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9uoz.ent.gz	138.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9uoz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9uoz_validation.pdf.gz	496.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9uoz_full_validation.pdf.gz	522 KB	表示
XML形式データ	9uoz_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	9uoz_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/9uoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/9uoz	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cystatin B Stefin B

B: Cystatin B Stefin B

D: Cystatin B Stefin B

F: Cystatin B Stefin B

C: Cystatin B Stefin B

E: Cystatin B Stefin B

G: Cystatin B Stefin B

H: Cystatin B Stefin B

96 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Cystatin B Stefin B

B: Cystatin B Stefin B

D: Cystatin B Stefin B

F: Cystatin B Stefin B

ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Cystatin B Stefin B

D: Cystatin B Stefin B

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4

B: Cystatin B Stefin B

F: Cystatin B Stefin B

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5

C: Cystatin B Stefin B

E: Cystatin B Stefin B

G: Cystatin B Stefin B

H: Cystatin B Stefin B

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6

C: Cystatin B Stefin B

G: Cystatin B Stefin B

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7

E: Cystatin B Stefin B

H: Cystatin B Stefin B

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24 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.773, 66.112, 92.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.432, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	CYS	CYS	GLU	GLU	A	A	4 - 100	4 - 100
2	1	1	CYS	CYS	GLU	GLU	B	B	4 - 100	4 - 100
3	2	2	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	2 - 100	2 - 100
4	2	2	PRO	PRO	GLU	GLU	D	C	2 - 100	2 - 100
5	3	3	MET	MET	HIS	HIS	A	A	3 - 101	3 - 101
6	3	3	MET	MET	HIS	HIS	F	D	3 - 101	3 - 101
7	4	4	MET	MET	HIS	HIS	A	A	3 - 101	3 - 101
8	4	4	MET	MET	HIS	HIS	C	E	3 - 101	3 - 101
9	5	5	MET	MET	HIS	HIS	A	A	3 - 102	3 - 102
10	5	5	MET	MET	HIS	HIS	E	F	3 - 102	3 - 102
11	6	6	CYS	CYS	GLU	GLU	A	A	4 - 100	4 - 100
12	6	6	CYS	CYS	GLU	GLU	G	G	4 - 100	4 - 100
13	7	7	CYS	CYS	GLU	GLU	A	A	4 - 100	4 - 100
14	7	7	CYS	CYS	GLU	GLU	H	H	4 - 100	4 - 100
15	8	8	CYS	CYS	GLU	GLU	B	B	4 - 100	4 - 100
16	8	8	CYS	CYS	GLU	GLU	D	C	4 - 100	4 - 100
17	9	9	CYS	CYS	GLU	GLU	B	B	4 - 100	4 - 100
18	9	9	CYS	CYS	GLU	GLU	F	D	4 - 100	4 - 100
19	10	10	CYS	CYS	GLU	GLU	B	B	4 - 100	4 - 100
20	10	10	CYS	CYS	GLU	GLU	C	E	4 - 100	4 - 100
21	11	11	CYS	CYS	GLU	GLU	B	B	4 - 100	4 - 100
22	11	11	CYS	CYS	GLU	GLU	E	F	4 - 100	4 - 100
23	12	12	CYS	CYS	HIS	HIS	B	B	4 - 101	4 - 101
24	12	12	CYS	CYS	HIS	HIS	G	G	4 - 101	4 - 101
25	13	13	CYS	CYS	HIS	HIS	B	B	4 - 101	4 - 101
26	13	13	CYS	CYS	HIS	HIS	H	H	4 - 101	4 - 101
27	14	14	MET	MET	GLU	GLU	D	C	3 - 100	3 - 100
28	14	14	MET	MET	GLU	GLU	F	D	3 - 100	3 - 100
29	15	15	MET	MET	GLU	GLU	D	C	3 - 100	3 - 100
30	15	15	MET	MET	GLU	GLU	C	E	3 - 100	3 - 100
31	16	16	MET	MET	GLU	GLU	D	C	3 - 100	3 - 100
32	16	16	MET	MET	GLU	GLU	E	F	3 - 100	3 - 100
33	17	17	CYS	CYS	GLU	GLU	D	C	4 - 100	4 - 100
34	17	17	CYS	CYS	GLU	GLU	G	G	4 - 100	4 - 100
35	18	18	CYS	CYS	GLU	GLU	D	C	4 - 100	4 - 100
36	18	18	CYS	CYS	GLU	GLU	H	H	4 - 100	4 - 100
37	19	19	MET	MET	HIS	HIS	F	D	3 - 102	3 - 102
38	19	19	MET	MET	HIS	HIS	C	E	3 - 102	3 - 102
39	20	20	MET	MET	HIS	HIS	F	D	3 - 101	3 - 101
40	20	20	MET	MET	HIS	HIS	E	F	3 - 101	3 - 101
41	21	21	CYS	CYS	GLU	GLU	F	D	4 - 100	4 - 100
42	21	21	CYS	CYS	GLU	GLU	G	G	4 - 100	4 - 100
43	22	22	CYS	CYS	GLU	GLU	F	D	4 - 100	4 - 100
44	22	22	CYS	CYS	GLU	GLU	H	H	4 - 100	4 - 100
45	23	23	MET	MET	HIS	HIS	C	E	3 - 101	3 - 101
46	23	23	MET	MET	HIS	HIS	E	F	3 - 101	3 - 101
47	24	24	CYS	CYS	GLU	GLU	C	E	4 - 100	4 - 100
48	24	24	CYS	CYS	GLU	GLU	G	G	4 - 100	4 - 100
49	25	25	CYS	CYS	GLU	GLU	C	E	4 - 100	4 - 100
50	25	25	CYS	CYS	GLU	GLU	H	H	4 - 100	4 - 100
51	26	26	CYS	CYS	GLU	GLU	E	F	4 - 100	4 - 100
52	26	26	CYS	CYS	GLU	GLU	G	G	4 - 100	4 - 100
53	27	27	CYS	CYS	GLU	GLU	E	F	4 - 100	4 - 100
54	27	27	CYS	CYS	GLU	GLU	H	H	4 - 100	4 - 100
55	28	28	CYS	CYS	HIS	HIS	G	G	4 - 101	4 - 101
56	28	28	CYS	CYS	HIS	HIS	H	H	4 - 101	4 - 101

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Cystatin B Stefin B 分子量: 11998.584 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinococcus multilocularis (多包条虫) 遺伝子: EmuJ_000159200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087VZV0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% PEG400 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid pH 8.5 200 mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 57418 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 29.371
反射シェル	解像度: 1.999→2.03 Å / Num. unique obs: 4125 / CC_1/2: 0.822

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→37.247 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.592 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	2798	4.874 %
R_work	0.2107	54603	-
all	0.212	-	-
obs	-	57401	98.812 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.232 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.656 Å²	-0 Å²	0.3 Å²
2-	-	4.918 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.158 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→37.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6276	0	0	361	6637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.751	1.838	8761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.631	1.769	13762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.37	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.083	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.462	10	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.689	10	304
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	5300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.744	4.114	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.744	4.114	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.547	7.366	3974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.546	7.366	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.29	4.742	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.289	4.742	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.226	8.389	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.225	8.388	4788
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.971	50.622	23824
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.976	50.546	23649
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.125	0.05	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.14	0.05	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.129	0.05	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.124	0.05	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.135	0.05	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.193	0.05	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.124	0.05	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.122	0.05	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.123	0.05	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.116	0.05	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.067	0.05	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.177	0.05	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.106	0.05	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.127	0.05	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.125	0.05	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.129	0.05	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.168	0.05	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.109	0.05	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.126	0.05	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.131	0.05	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.18	0.05	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.091	0.05	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.121	0.05	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.186	0.05	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.108	0.05	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.183	0.05	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.12	0.05	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.171	0.05	2472

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12483	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12483	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14017	0.05008
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14017	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12915	0.05008
3	6	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12915	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1237	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1237	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13505	0.05008
5	10	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13505	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19325	0.05008
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19325	0.05008
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12377	0.05008
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12377	0.05008
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12218	0.05009
8	16	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12218	0.05009
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12302	0.05008
9	18	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12302	0.05008
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11571	0.05009
10	20	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11571	0.05009
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06704	0.05009
11	22	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06704	0.05009
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17717	0.05008
12	24	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17717	0.05008
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10582	0.05009
13	26	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10582	0.05009
14	27	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12738	0.05009
14	28	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12738	0.05009
15	29	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12471	0.05009
15	30	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12471	0.05009
16	31	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12878	0.05009
16	32	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12878	0.05009
17	33	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1677	0.05009
17	34	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1677	0.05009
18	35	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10874	0.05009
18	36	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10874	0.05009
19	37	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12563	0.05009
19	38	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12563	0.05009
20	39	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13062	0.05009
20	40	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13062	0.05009
21	41	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18049	0.05008
21	42	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18049	0.05008
22	43	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09125	0.05009
22	44	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09125	0.05009
23	45	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12137	0.05009
23	46	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12137	0.05009
24	47	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18553	0.05008
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18553	0.05008
25	49	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10841	0.05009
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10841	0.05009
26	51	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18333	0.05008
26	52	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18333	0.05008
27	53	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11983	0.05008
27	54	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11983	0.05008
28	55	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17116	0.05008
28	56	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17116	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.051	0.33	183	0.287	3633	X-RAY DIFFRACTION	89.7882
2.051-2.107	0.292	186	0.272	3796	X-RAY DIFFRACTION	96.4398
2.107-2.167	0.313	191	0.268	3786	X-RAY DIFFRACTION	98.8566
2.167-2.234	0.284	188	0.25	3755	X-RAY DIFFRACTION	99.6966
2.234-2.307	0.295	179	0.262	3609	X-RAY DIFFRACTION	99.8419
2.307-2.388	0.277	188	0.225	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.477	0.239	175	0.223	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.578	0.267	171	0.233	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.578-2.692	0.293	166	0.238	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.692-2.823	0.241	145	0.223	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.9682
2.823-2.974	0.246	148	0.214	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.9666
2.974-3.154	0.241	148	0.212	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.9301
3.154-3.37	0.244	136	0.207	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.637	0.239	132	0.202	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.637-3.98	0.238	121	0.19	2169	X-RAY DIFFRACTION	99.9127
3.98-4.444	0.162	94	0.162	1985	X-RAY DIFFRACTION	99.6644
4.444-5.119	0.172	80	0.15	1774	X-RAY DIFFRACTION	99.6774
5.119-6.24	0.229	66	0.208	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.5558
6.24-8.704	0.268	66	0.211	1178	X-RAY DIFFRACTION	99.8395
8.704-37.247	0.19	35	0.19	703	X-RAY DIFFRACTION	99.0604

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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