PDB-9uld: Ambient temperature crystal structure of Nmar_1308 protein at 3.4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9uld

タイトル

Ambient temperature crystal structure of Nmar_1308 protein at 3.40 angstrom resolution

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / bifunctional enzyme / carbon fixation

機能・相同性

Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / fatty acid beta-oxidation / ClpP/crotonase-like domain superfamily / lyase activity / Enoyl-CoA hydratase/isomerase

機能・相同性情報

生物種

Nitrosopumilus maritimus SCM1 (古細菌)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Destan, E. / DeMirci, H.

資金援助

トルコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ambient temperature crystal structure of Nmar_1308 protein at 3.40 angstrom resolution
著者: Destan, E. / DeMirci, H.

履歴

登録	2025年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9uld.cif.gz	280.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9uld.ent.gz	231.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9uld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9uld_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9uld_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	9uld_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	9uld_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/9uld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/9uld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

79.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.330, 81.330, 219.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 26416.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitrosopumilus maritimus SCM1 (古細菌) 遺伝子: Nmar_1308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9A2G5
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate, 1.0M Tris (base), BICINE pH 8.5, 40% v/v PEG 500* MME, 20% w/v PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.77 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→32.71 Å / Num. obs: 56418 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 62.81 % / CC_1/2: 0.88 / CC star: 0.96 / Net I/σ(I): 3.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.82 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 6425 / CC_1/2: 0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→24.43 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3621	184	1.57 %
R_work	0.3218	-	-
obs	0.3225	11689	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→24.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5473	0	0	0	5473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.588	7478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.373	2066
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.61	0.3783	27	0.3499	1859	X-RAY DIFFRACTION	99
3.61-3.89	0.4175	31	0.3757	1901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.28	0.3336	34	0.3134	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.28-4.89	0.4236	31	0.2852	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-6.15	0.3452	30	0.3134	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-24.43	0.3219	31	0.3325	1992	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8921	1.5445	0.3395	3.2812	0.7136	1.6754	0.062	-0.1465	0.4924	0.2297	0.0615	0.0051	-0.2484	0.2945	0.0647	0.974	-0.1912	-0.4866	1.0596	-0.5793	1.1776	53.9705	-27.7136	20.5566
2	0.0977	0.0198	-0.1715	0.1192	0.1341	0.5018	-0.208	0.1036	-0.052	0.0378	0.181	-0.2118	0.0515	0.074	-0.1606	0.4083	-0.1265	0.2935	0.4584	-0.4387	0.4481	44.2156	-31.6786	22.4526
3	0.6927	0.5702	0.5597	0.8592	0.3305	0.4835	0.0694	0.4903	-0.0177	-0.1591	0.2247	-0.5443	0.0494	0.4212	-0.241	0.093	-0.1394	-0.1845	0.3986	-0.3061	0.655	39.7911	-16.4261	19.2925
4	1.4088	-0.8665	0.7081	1.1966	-0.3182	4.0626	0.0188	0.6114	-0.2615	-0.3029	-0.127	0.4658	0.3779	-0.2496	0.2012	0.1383	-0.0624	-0.0928	0.3151	0.0373	0.5598	26.3473	17.9133	21.4945
5	0.9582	-0.3781	0.4043	1.596	1.2297	2.3353	0.2148	0.3046	0.4447	-0.3662	-0.4041	0.063	-0.3534	-0.0113	0.0587	0.3816	0.0321	-0.1867	0.2825	0.203	0.469	18.6773	13.7261	23.3977
6	0.7012	-0.0598	0.4377	0.3113	-0.0867	0.3544	0.0064	-0.1076	0.007	0.0462	-0.0032	0.0189	0.0356	0.0549	-0.1377	0.7045	-0.3061	-0.4893	0.9382	-0.3326	0.7326	42.9577	12.2709	22.5777
7	0.1366	-0.0761	-0.0758	1.0417	0.1402	0.0548	0.0068	0.2568	-0.3049	-0.1181	0.1109	0.4815	0.1411	-0.0331	-0.0701	0.4093	0.0093	-0.2497	0.514	-0.1366	0.2565	24.5874	0.7436	21.3597
8	3.8647	-1.0199	-0.6782	3.4524	0.241	0.7359	0.2375	-0.0116	0.4847	0.0886	-0.1326	0.5397	-0.0236	-0.1307	0.0036	0.1294	-0.2505	0.0173	0.8499	0.1357	0.4327	0.4884	-29.7331	12.7516
9	1.2059	-1.075	-0.3979	1.406	1.0792	2.025	0.3948	0.201	-0.0315	0.2857	-0.2726	-0.8631	-0.3848	-0.3788	-0.1615	0.7259	-0.4429	0.1702	1.0507	0.0768	0.8611	1.0641	-24.3847	18.8913
10	0.394	-0.1122	0.1325	0.0966	-0.1534	0.3959	0.0254	0.2207	-0.5274	0.1219	0.1049	-0.0086	-0.0534	-0.0388	0.2058	0.6408	-0.3631	-0.0979	-0.0698	-0.3145	0.2137	15.1207	-21.7406	18.5732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 245 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 37 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 38 through 57 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 58 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 74 through 242 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 0 through 27 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 28 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 74 through 242 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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