PDB-9ul0: Wild-type Bacillus megaterium Penicillin G Acylase with Covalentl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ul0

タイトル

Wild-type Bacillus megaterium Penicillin G Acylase with Covalently Bound Phenylacetic Acid

要素

(Penicillin G ...) x 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / N-terminal nucleophile hydrolase / Bacillus megaterium / Penicillin acylase / Covalently bound PAA

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / response to antibiotic / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Priestia megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Kaewsasan, C. / Rojviriya, C. / Yuvaniyama, J.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2026
タイトル: Capturing Catalysis: Structural Insights into the Acyl-Enzyme Intermediate of Priestia megaterium Penicillin G Acylase
著者: Kaewsasan, C. / Rojviriya, C. / Oonanant, W. / Prathumrat, N. / Koinueng, W. / Yuvaniyama, J.

履歴

登録	2025年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ul0.cif.gz	448.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ul0.ent.gz	299.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ul0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/9ul0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/9ul0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ub9C 9uewC 1pnmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin G acylase

B: Penicillin G acylase subunit beta

ヘテロ分子

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.811, 78.056, 85.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.537, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
Penicillin G ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Penicillin G acylase / Penicillin G amidase / Penicillin G amidohydrolase 分子量: 24452.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein is a heterodimer composed of two distinct subunits. The alpha subunit (chain A) encompasses residues G1 through S210, whereas the beta subunit (chain B) comprises residues S211 to K747. 由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア) 遺伝子: pac, pga / プラスミド: pBA402 / 発現宿主: Priestia megaterium (バクテリア) / 株 (発現宿主): UN-cat / 参照: UniProt: Q60136, penicillin amidase
#2: タンパク質	Penicillin G acylase subunit beta 分子量: 61475.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア) 遺伝子: pac, pga / プラスミド: pBA402 / 発現宿主: Priestia megaterium (バクテリア) / 株 (発現宿主): UN-cat / 参照: UniProt: Q60136

#1: タンパク質

Penicillin G acylase / Penicillin G amidase / Penicillin G amidohydrolase

分子量: 24452.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein is a heterodimer composed of two distinct subunits. The alpha subunit (chain A) encompasses residues G1 through S210, whereas the beta subunit (chain B) comprises residues S211 to K747.
由来: (組換発現)

Priestia megaterium (バクテリア)
遺伝子: pac, pga / プラスミド: pBA402 / 発現宿主:

Priestia megaterium (バクテリア) / 株 (発現宿主): UN-cat / 参照: UniProt: Q60136, penicillin amidase

#2: タンパク質

Penicillin G acylase subunit beta

分子量: 61475.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Priestia megaterium (バクテリア)
遺伝子: pac, pga / プラスミド: pBA402 / 発現宿主:

Priestia megaterium (バクテリア) / 株 (発現宿主): UN-cat / 参照: UniProt: Q60136

-
非ポリマー , 4種, 1413分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-HY1 / PHENYLACETALDEHYDE 分子量: 120.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 mM Penicillin G, 0.150 M NaCl, 31% w/v PEG 4000, and 0.1 M imidazole (pH 6.5) PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99998 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→30 Å / Num. obs: 80619 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.45
反射シェル	解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 5.66 / Num. unique obs: 6551 / % possible all: 81.8
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PNM

1pnm

解像度: 1.71→28.67 Å / SU ML: 0.1228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.0839
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1582	3947	5.03 %
R_work	0.1355	74600	-
obs	0.1367	78547	97.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→28.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5889	0	14	1407	7310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	6190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8418	8380
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0507	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0635	2366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.73	0.2045	90	0.1692	1946	X-RAY DIFFRACTION	71.41
1.73-1.75	0.1889	97	0.1552	2256	X-RAY DIFFRACTION	81.59
1.75-1.77	0.2059	120	0.1561	2356	X-RAY DIFFRACTION	87
1.77-1.8	0.1861	129	0.1528	2557	X-RAY DIFFRACTION	93.23
1.8-1.82	0.1565	122	0.1538	2716	X-RAY DIFFRACTION	98.61
1.82-1.85	0.1955	157	0.1509	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.85-1.88	0.1666	129	0.1519	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.88-1.91	0.1733	159	0.1535	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.91-1.94	0.1913	141	0.1537	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.94-1.98	0.1992	138	0.1489	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.98-2.02	0.1788	156	0.1415	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.02-2.06	0.1738	139	0.135	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.1	0.1724	143	0.1338	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.1-2.15	0.1543	123	0.1345	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.15-2.2	0.1648	167	0.1334	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.2-2.26	0.1652	148	0.1414	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.26-2.33	0.1896	145	0.1424	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.33-2.4	0.1556	146	0.1395	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.4-2.49	0.1673	162	0.1431	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.49-2.59	0.1673	135	0.1372	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.59-2.71	0.1514	148	0.1435	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.71-2.85	0.1719	144	0.1375	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.85-3.03	0.1664	164	0.1388	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.03-3.26	0.1467	143	0.13	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.26-3.59	0.138	139	0.1246	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.59-4.11	0.1179	137	0.1122	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.11-5.17	0.1225	152	0.1133	2695	X-RAY DIFFRACTION	97.33
5.17-28.67	0.1653	174	0.1456	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.36

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.8542026283 Å / Origin y: 0.364144103219 Å / Origin z: 22.5958432987 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.122149162531 Å²	0.0126858155753 Å²	-0.0302305613587 Å²	-	0.124595080196 Å²	-0.000372866825093 Å²	-	-	0.0915067504065 Å²
L	0.257239285461 °²	0.0379898322549 °²	0.0660882337222 °²	-	0.763613138459 °²	0.0686013412155 °²	-	-	0.473812912001 °²
S	-0.0206552785298 Å °	-0.0163339117028 Å °	0.0346445359788 Å °	0.111437585542 Å °	-0.00561925021487 Å °	-0.126297803004 Å °	-0.00152246917441 Å °	0.0544729941122 Å °	0.025320185192 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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