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万見
- PDB-9uk8: Monomeric antiparallel G-quadruplex formed by d(G4C2)4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uk8
タイトルMonomeric antiparallel G-quadruplex formed by d(G4C2)4
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Geng, Y. / Cai, Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32301023 中国
National Science Foundation (NSF, China)32471312 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of distinct parallel and antiparallel DNA G-quadruplexes reveal structural polymorphism in C9orf72 G4C2 repeats.
著者: Geng, Y. / Liu, C. / Miao, H. / Suen, M.C. / Xie, Y. / Zhang, B. / Han, W. / Wu, C. / Ren, H. / Chen, X. / Tai, H.C. / Wang, Z. / Zhu, G. / Cai, Q.
履歴
登録2025年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,76920
ポリマ－30,1434
非ポリマー62616
水1086
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6925
ポリマ－7,5361
非ポリマー1564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6925
ポリマ－7,5361
非ポリマー1564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6925
ポリマ－7,5361
非ポリマー1564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6925
ポリマ－7,5361
非ポリマー1564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.288, 87.147, 98.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP)-3')


分子量: 7535.790 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M KCl, 0.05 M BIS-TRIS at pH 7.0, 33% w/v PEG 3350 and 0.005 M spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.919764 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 7881 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.868.881.5771.7412400.3351.67699.2
2.86-3.0610.41.2012.4511600.771.264100
3.06-3.310.350.4325.4410870.9860.455100
3.3-3.629.890.210.2310080.9970.211100
3.62-4.0410.260.16612.79290.9980.175100
4.04-4.669.860.1218.228310.9980.127100
4.66-5.699.950.08725.017000.9980.092100
5.69-7.989.290.05829.9758010.06299.8
7.98-508.220.0353634610.03898.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2N2D

2n2d


解像度: 2.7→43.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 35.66 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2516 775 9.8 %RANDOM
Rwork0.23336 ---
obs0.23518 7100 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å2-0 Å20 Å2
2--2.15 Å2-0 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1894 16 6 1916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0092132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.3193295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5381.582340
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9244.112132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9244.1122133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0637.3953296
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.79184.0712128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.78684.112117
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 58 -
Rwork0.424 495 -
obs--98.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9009-1.91420.55653.3311-0.54755.1528-0.09020.8378-0.1288-0.6380.2701-0.03080.2407-0.0439-0.180.2523-0.0920.02780.2131-0.0260.02575.834-0.53521.995
26.82592.32280.34654.198-0.35792.85370.0573-0.57860.33640.45560.06010.2204-0.0136-0.0694-0.11750.21620.0832-0.00210.0902-0.02720.0272-5.5240.572.32
39.5461-0.7234-0.64912.9798-0.01396.33280.1206-0.12811.5597-0.1202-0.07310.3263-1.1212-0.3289-0.04760.33480.0545-0.00290.07-0.03440.3236-0.683-27.90910.804
49.7426-0.913-0.16213.8812-0.50526.20350.00380.2504-1.5721-0.194-0.0662-0.33361.24440.21250.06240.3852-0.00070.06160.1375-0.07360.3339-14.713-17.26135.737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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