PDB-9ujo: Solution structure of MeV Vc 221-299

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ujo

タイトル

Solution structure of MeV Vc 221-299

要素

Non-structural protein V

キーワード

VIRUS / STAT transcription factors / immune evasion / innate immunity / measles / paramyxovirus

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / host cell cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Measles morbillivirus (ウイルス)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Kumeta, H. / Ose, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic analysis of STAT2 targeting by measles virus V protein
著者: Morita, K. / Goda, N. / Kimoto, M. / Inoue, I.S. / Yabuno, N. / Sugiyama, A. / Kumeta, H. / Ose, T.

履歴

登録	2025年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ujo.cif.gz	506.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ujo.ent.gz	418.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ujo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/9ujo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/9ujo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 53023

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Non-structural protein V

ヘテロ分子

9.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Non-structural protein V 分子量: 9246.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles morbillivirus (ウイルス) / 遺伝子: P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4XDT3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-15N HMQC
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	isotropic	1	3D HNCO
1	5	1	isotropic	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	7	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	9	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	10	1	isotropic	1	3D 15N-separated NOESY
1	11	1	isotropic	1	3D 13C-separated NOESY
1	12	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 130 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] MeV Vc, 1 mM TCEP, 10 mM HEPES, 100 % 96.2% H2O 3.8% D2O, 96.2% H2O 3.8% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 96.2% H2O 3.8% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
130 uM	MeV Vc	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
1 mM	TCEP	natural abundance	1
10 mM	HEPES	natural abundance	1
100 %	96.2% H2O 3.8% D2O	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 11 mM / Label: sample_conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 293.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	4.1.4	Bruker Biospin	collection
NMRPipe	8.2	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	3.113	Goddard	chemical shift assignment
TALOS+	8.2	Shen, Delaglio, Cornilescu, and Bax	データ解析
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
Sparky	3.113	Goddard	peak picking

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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