PDB-9ugp: Crystal structure of MCL-1 in complex with HRK BH3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ugp

タイトル

Crystal structure of MCL-1 in complex with HRK BH3

要素

Activator of apoptosis harakiri
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

APOPTOSIS / BCL-2 family / mitochondrial apoptosis / BH3 Mimetics

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Wei, H. / Wang, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of apoptotic MCL1-HRK complex.
著者: Wang, J. / Jiang, L. / Wei, H.

履歴

登録	2025年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ugp.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ugp.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ugp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/9ugp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/9ugp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

B: Activator of apoptosis harakiri

20.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.044, 53.997, 68.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT 分子量: 17669.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド	Activator of apoptosis harakiri / BH3-interacting domain-containing protein 3 / Neuronal death protein DP5 分子量: 2816.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00198
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→42.37 Å / Num. obs: 55736 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.392→1.454 Å / Num. unique obs: 1509 / CC_1/2: 0.335

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.39→25.11 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	3692	6.63 %
R_work	0.1711	-	-
obs	0.1728	55711	86.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→25.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1380	0	0	176	1556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.086
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.984	187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.39-1.41	0.3456	34	0.2906	497	X-RAY DIFFRACTION	21
1.41-1.43	0.3219	53	0.3117	739	X-RAY DIFFRACTION	32
1.43-1.45	0.298	67		961	X-RAY DIFFRACTION	41
1.45-1.47	0.2608	91		1166	X-RAY DIFFRACTION	51
1.47-1.49	0.2525	98	0.25	1400	X-RAY DIFFRACTION	60
1.5-1.52	0.3107	112	0.2757	1659	X-RAY DIFFRACTION	72
1.52-1.55	0.3184	139	0.2711	1988	X-RAY DIFFRACTION	85
1.55-1.57	0.3016	149	0.2674	2124	X-RAY DIFFRACTION	93
1.57-1.6	0.2454	160	0.2289	2281	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6-1.64	0.2385	163	0.217	2323	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.67	0.2039	160	0.1973	2298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.2042	166	0.1918	2292	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.75	0.2103	166	0.1829	2297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8	0.2073	165	0.1882	2322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.2056	163	0.1824	2316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.91	0.2321	162	0.1898	2277	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.98	0.223	169	0.1716	2312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.06	0.2153	163	0.1573	2336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.16	0.1735	164	0.1497	2292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.27	0.1857	162	0.1526	2324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.41	0.1941	164	0.1632	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.6	0.1858	167	0.1579	2309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.86	0.1751	161	0.1698	2320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.27	0.1981	164	0.1662	2304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-4.12	0.1765	162	0.1511	2299	X-RAY DIFFRACTION	99
4.12-25.11	0.1786	168	0.1588	2290	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3515	-0.6212	-0.2159	4.5581	0.6482	1.0208	-0.0399	-0.2372	0.1715	-0.0206	0.1905	-0.4652	-0.0232	0.2786	-0.17	0.1593	-0.0092	0.001	0.2081	-0.0421	0.2162	9.9391	-2.7887	5.6007
2	1.4754	0.2542	0.1774	2.308	0.5294	2.6539	-0.0041	0.0804	0.5876	-0.2239	0.201	-0.6792	-0.3979	0.4977	-0.1539	0.2292	-0.0766	0.0351	0.2228	-0.0103	0.3061	6.2062	6.391	-1.8914
3	2.2167	-0.3868	0.9186	2.4332	-1.9385	5.0348	-0.0617	-0.4638	0.4546	0.4091	-0.1022	-0.1917	-0.5554	-0.0088	0.078	0.2382	0.0111	-0.0272	0.2425	-0.0652	0.2877	-7.9217	9.4682	13.8355
4	2.1502	0.5129	-0.5524	1.5522	0.9334	1.9718	0.0436	-0.3532	0.0316	0.1551	-0.0007	-0.1465	0.0733	0.0527	-0.0336	0.1477	0.0032	-0.0185	0.1726	-0.0017	0.1595	-4.0639	0.3641	9.6916
5	2.0606	0.1956	0.2908	5.1849	3.0341	3.6673	-0.1228	-0.5978	-0.0067	0.3276	0.1795	-0.0765	0.1453	0.2757	-0.0857	0.1815	0.0193	-0.0125	0.2745	-0.0185	0.1974	3.9231	-2.0616	13.1881
6	2.8181	-0.8831	0.7158	3.4808	-0.2994	1.816	0.1129	0.4313	-0.1537	-0.293	-0.0624	-0.0152	0.007	0.1987	-0.064	0.1553	0.0063	0.0154	0.1926	-0.0154	0.1342	1.0876	-6.2665	-6.4967
7	1.354	0.1957	-0.181	0.7929	0.0606	8.2391	-0.0991	0.1281	0.0751	-0.0053	-0.0106	0.0754	-0.0998	-0.5177	0.0955	0.1647	0.011	-0.008	0.1719	0.0036	0.1362	-12.5297	1.9046	0.3965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 169 through 191 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 192 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 282 through 301 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 302 through 322 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 27 through 51 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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