PDB-9uge: Crystal structure of the complex of camel peptidoglycan recogniti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9uge

タイトル

Crystal structure of the complex of camel peptidoglycan recognition protein, PGRP-S with malic acid and oxalic acid at 2.3 A resolution

要素

Peptidoglycan recognition protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PGRP-S / Innate immune protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.305 Å

データ登録者

Barik, D. / Ahmad, N. / Maurya, A. / Yamini, S. / Sharma, P. / Yadav, S.P. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of camel peptidoglycan recognition protein, PGRP-S with malic acid and oxalic acid at 2.3 A resolution
著者: Barik, D. / Ahmad, N. / Maurya, A. / Yamini, S. / Sharma, P. / Yadav, S.P. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2025年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2025年5月14日	ID: 4Q9E
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9uge.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9uge.ent.gz	119.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9uge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9uge_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9uge_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9uge_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	9uge_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/9uge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/9uge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

76.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

登録者が定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.308, 101.623, 162.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-227- HOH
2	1	D-322- HOH
3	1	D-352- HOH

#1: タンパク質	Peptidoglycan recognition protein 1 / Peptidoglycan recognition protein short / PGRP-S 分子量: 19011.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 参照: UniProt: Q9GK12
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸分子量: 90.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 20% glycerol, 6% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.305→40.704 Å / Num. obs: 29076 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 44.6 Å² / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.305→2.34 Å / Num. unique obs: 797 / R_sym value: 0.668

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.305→40.704 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 18.219 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.308 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2833	700	2.407 %
R_work	0.2147	28376	-
all	0.216	-	-
obs	-	29076	88.909 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.996 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.997 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.757 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.305→40.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5348	0	21	371	5740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.804	7538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.448	1.756	11492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.574	5	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.118	5	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.842	10	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.914	10	268
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	5413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.467	5.826	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.466	5.826	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.718	10.449	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.718	10.449	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.596	6.242	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.594	6.239	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.004	11.344	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.002	11.34	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.513	63.002	6557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.512	63.015	6552

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.305-2.365	0.395	56	0.409	1983	0.409	2382	0.755	0.81	85.6003	0.362
2.365-2.429	0.369	50	0.387	1995	0.386	2309	0.835	0.831	88.5665	0.337
2.429-2.499	0.424	51	0.363	1958	0.365	2259	0.808	0.855	88.9332	0.313
2.499-2.576	0.4	43	0.357	1903	0.358	2206	0.831	0.865	88.214	0.305
2.576-2.66	0.344	46	0.333	1821	0.333	2118	0.86	0.88	88.1492	0.276
2.66-2.753	0.363	48	0.297	1781	0.298	2072	0.866	0.911	88.2722	0.249
2.753-2.857	0.379	48	0.276	1711	0.279	1999	0.857	0.93	87.994	0.228
2.857-2.973	0.34	32	0.268	1654	0.269	1908	0.914	0.937	88.3648	0.231
2.973-3.104	0.326	44	0.246	1593	0.248	1843	0.919	0.951	88.8226	0.208
3.104-3.255	0.277	38	0.219	1518	0.221	1761	0.924	0.964	88.3589	0.189
3.255-3.429	0.293	44	0.188	1469	0.192	1695	0.945	0.974	89.2625	0.167
3.429-3.636	0.319	27	0.185	1410	0.187	1615	0.941	0.978	88.9783	0.171
3.636-3.885	0.208	24	0.181	1319	0.181	1503	0.97	0.978	89.3546	0.17
3.885-4.193	0.298	30	0.159	1226	0.163	1400	0.957	0.983	89.7143	0.149
4.193-4.588	0.204	22	0.137	1152	0.138	1296	0.974	0.987	90.5864	0.134
4.588-5.122	0.221	26	0.152	1049	0.154	1184	0.967	0.987	90.7939	0.147
5.122-5.898	0.192	23	0.174	948	0.175	1061	0.977	0.983	91.5174	0.16
5.898-7.186	0.228	18	0.168	819	0.169	901	0.972	0.983	92.8968	0.162
7.186-10.008	0.183	20	0.142	652	0.144	725	0.986	0.988	92.6897	0.151
10.008-40.704	0.281	10	0.178	415	0.18	455	0.926	0.978	93.4066	0.198

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