PDB-9uce: Crystal structure of glycosyltransferase UGT73K1 in complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9uce

タイトル

Crystal structure of glycosyltransferase UGT73K1 in complex with UDP

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / UDP

機能・相同性

UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhu, J.S. / Zhang, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of glycosyltransferase UGT73K1 in complex with UDP
著者: Zhu, J.S. / Zhang, Y.

履歴

登録	2025年4月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9uce.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9uce.ent.gz	154.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9uce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/9uce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/9uce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

58.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.500, 91.500, 167.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 57548.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11431381, MTR_4g031800, MtrunA17_Chr4g0014061 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5IFH8, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, K/Na tartrate, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36792 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.67 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.51
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 24.41 % / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique obs: 5809 / CC_1/2: 0.962 / R_rim(I) all: 0.753 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	Jun 30, 2024	データ削減
PHENIX	1.20.1-4487	位相決定
XDS	Jun 30, 2024	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→44.12 Å / SU ML: 0.1718 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	1838	5 %
R_work	0.1834	34931	-
obs	0.1846	36769	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3547	0	48	150	3745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	3677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5863	4990
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0442	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9047	1335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.2365	137	0.2047	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.26-2.33	0.2304	139	0.2021	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4	0.2454	140	0.1965	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.4-2.49	0.2426	138	0.207	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.49-2.59	0.2431	140	0.2006	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.7	0.249	140	0.1963	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.7-2.85	0.2137	140	0.192	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.02	0.2349	140	0.1984	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.26	0.2242	141	0.1969	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.59	0.2264	142	0.1784	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.1	0.1783	142	0.1615	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-5.17	0.1769	146	0.1573	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-44.12	0.1927	153	0.1954	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.795053520745	-0.170719574451	-0.00915014035115	0.500489064743	0.0852550156834	0.234869647282	0.00957825280499	0.0862555293299	0.0439796695664	-0.250749123883	0.0771153904062	0.105355711604	-0.0842490860425	-0.0784402697291	3.00439758956E-9	0.264416416946	-0.0166358618251	-0.0384218984454	0.27537291985	0.0572082562133	0.26665948804	-35.516808067	10.9489975791	-36.3737992055
2	0.337133563747	-0.266500329424	0.247277110456	1.46972106955	0.501057924709	1.0320164782	-0.0509789978176	-0.346897247726	0.0482279982762	0.656480298941	0.199752341278	-0.0570523576366	0.170476824874	-0.00154232783627	0.00648977951799	0.412978301927	0.00275260505097	-0.0211028571842	0.386836769909	-0.0281132129054	0.26579521367	-16.4599697789	23.5945952221	-10.8610750412
3	0.933159384451	0.441662198004	0.189553048133	1.40841662516	0.322445516603	1.0490873537	-0.0201413720472	-0.136975708736	0.124147670467	-0.0999836470493	0.0888523678205	-0.0992285923455	-0.0493653539314	0.00768160968797	0.000243527309008	0.241225506701	0.00248225342882	0.0121147360408	0.227759327405	0.0192797495547	0.216787482532	-23.6562358801	17.5372106899	-28.5124217515
4	0.86530102427	-0.0760820554208	-0.0158901032852	1.53400551357	-0.207196536898	1.3688059681	-0.125412176674	-0.0928596857296	-0.0894125243042	0.0193239720395	0.20970468647	0.234470449907	0.113277069564	-0.190938125694	1.53266390196E-7	0.222751148484	0.00671182129669	-0.00527579484798	0.256483028839	0.0700785141389	0.268636561151	-39.4049522864	4.66569444317	-24.6859717222

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 195 through 261 )	195 - 261	189 - 238
2	2	chain 'A' and (resid 262 through 361 )	262 - 361	239 - 338
3	3	chain 'A' and (resid 362 through 476 )	362 - 476	339 - 453
4	4	chain 'A' and (resid 7 through 194 )	7 - 194	1 - 188

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)