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- PDB-9ubx: The atomic coordinates of the mouse CatSper trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ubx
タイトルThe atomic coordinates of the mouse CatSper trimer
要素
  • (Cation channel sperm-associated auxiliary subunit ...) x 7
  • (Cation channel sperm-associated protein ...) x 4
  • EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
  • Solute carrier organic anion transporter family member 6C1
  • Unknown protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / sperm / hyperactivation / calcium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Sperm Motility And Taxes / CatSper complex / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / sodium-independent organic anion transport / : / calcium ion sensor activity / male meiotic nuclear division / : / : ...Sperm Motility And Taxes / CatSper complex / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / sodium-independent organic anion transport / : / calcium ion sensor activity / male meiotic nuclear division / : / : / flagellated sperm motility / calcium-activated cation channel activity / fertilization / motile cilium / sperm capacitation / regulation of calcium ion transport / sodium ion transport / monoatomic ion channel complex / sperm flagellum / voltage-gated calcium channel activity / acrosomal vesicle / calcium ion transport / sperm principal piece / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / calmodulin binding / cell differentiation / cilium / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / : / : ...Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / CATSPERD, beta-propeller domain / CATSPERG beta-propeller domain / CATSPERB, C-terminal domain / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / CATSPER protein subunit beta protein 1st domain / CATSPER subunit beta protein 2nd domain / CATSPERB head domain / CATSPERB Ig-like domain / CATSPERG N-terminal domain / CATSPERE first N-terminal domain / CATSPERE second N-terminal domain / CATSPERE beta-propeller domain / CATSPERG C-terminal domain / CATSPERE Ig-like domain / CATSPERD/E C-terminal domain / CATSPERG Ig-like domain / CATSPERD Ig-like domain / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 / Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / MFS transporter superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit theta / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit eta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / Cation channel sperm-associated protein 3 / Cation channel sperm-associated protein 4 ...CHOLESTEROL / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit theta / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit eta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / Cation channel sperm-associated protein 3 / Cation channel sperm-associated protein 4 / Solute carrier organic anion transporter family member 6C1 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Xu, Q. / Lin, S. / Zhao, Q. / Yan, Z. / Wu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Molecular basis of the higher-order assembly of CatSper.
著者: Qikui Xu / Shiyi Lin / Qingqing Zhao / Yanfei Ru / Hang Kang / Xuhui Zeng / Min Jiang / Zhen Yan / Jianping Wu /
要旨: CatSper serves as the primary Ca entry pathway in the principal piece of sperm flagellum and is crucial for sperm motility and fertility. Sperm lacking functional CatSper channels fail to undergo ...CatSper serves as the primary Ca entry pathway in the principal piece of sperm flagellum and is crucial for sperm motility and fertility. Sperm lacking functional CatSper channels fail to undergo hyperactivation during fertilization, leading to complete male infertility. Along the longitudinal axis of the sperm flagellum, staggered CatSper complexes align in a hand-in-hand arrangement, forming a distinctive quadrilinear zigzag arrays known as CatSper nanodomains. However, the molecular details of how CatSper oligomerizes to form such higher-order assembly remain unclear. In this study, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of native CatSper dimer (~1.5 MDa) and trimer (~2.3 MDa) megacomplexes, which represent the fundamental units of the zigzag array. We reveal the overall configuration of the zigzag assembly by characterizing the two distinct dimer interfaces that mediate CatSper oligomerization. Specifically, we elucidate the interaction details of two extracellular interfaces formed by CATSPERβ and CATSPERγ at the two dimer interfaces, respectively, and find that CATSPERη, a recently identified component of CatSper, constitutes the transmembrane interface within one of these dimer interfaces. Functional studies in mice demonstrate that CATSPERη is essential for the formation of functional CatSper on the sperm flagellum, and CATSPERη-deficient sperm fail to hyperactivate during fertilization, resulting in male infertility both in vivo and in vitro. Our data provide insights into the higher-order assembly of CatSper at the molecular level, offering clues for the development of male contraceptives.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation channel sperm-associated protein 1
B: Cation channel sperm-associated protein 2
C: Cation channel sperm-associated protein 3
D: Cation channel sperm-associated protein 4
E: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta
F: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2
G: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta
H: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon
I: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
J: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249
K: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta
L: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1
M: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262
N: Unknown protein
n: Cation channel sperm-associated protein 1
o: Cation channel sperm-associated protein 2
p: Cation channel sperm-associated protein 3
q: Cation channel sperm-associated protein 4
r: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta
f: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2
t: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta
u: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon
w: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249
x: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta
y: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1
z: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262
P: Unknown protein
a: Cation channel sperm-associated protein 1
b: Cation channel sperm-associated protein 2
c: Cation channel sperm-associated protein 3
d: Cation channel sperm-associated protein 4
e: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta
s: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2
g: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta
h: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon
i: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
j: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249
k: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta
l: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1
m: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262
O: Unknown protein
Q: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,119,967102
ポリマ－2,091,34742
非ポリマー28,62060
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
Cation channel sperm-associated protein ... , 4種, 12分子 AnaBobCpcDqd

#1: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 1 / CatSper1


分子量: 29080.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsper1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91ZR5
#2: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 2 / CatSper2


分子量: 33115.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsper2 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2ARP9
#3: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 3 / CatSper3


分子量: 32308.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsper3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q80W99
#4: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 4 / CatSper4


分子量: 28880.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsper4 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BVN3

-
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit ... , 7種, 21分子 EreFfsGtgHuhJwjKxkMzm

#5: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / CatSper-beta


分子量: 121580.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsperb / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2RTF1
#6: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2


分子量: 119864.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsperg2, Catsperg / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: C6KI89
#7: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / CatSper-delta / CatSperdelta / Transmembrane protein 146


分子量: 82834.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsperd, Tmem146 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q9F6
#8: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / CatSper-epsilon / CatSperepsilon / C1orf101-like protein


分子量: 107004.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catspere, Catspere1, Gm7068 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P0DP43
#10: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Transmembrane protein 249


分子量: 19898.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmem249 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A2R8VHF7
#11: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / CatSper-zeta / CatSperzeta / Protein expressed in male leptotene and zygotene spermatocytes 622 / ...CatSper-zeta / CatSperzeta / Protein expressed in male leptotene and zygotene spermatocytes 622 / MLZ-622 / Testis-expressed protein 40


分子量: 17504.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catsperz, Tex40 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQP8
#13: タンパク質 Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit eta / Transmembrane protein 262


分子量: 13350.882 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmem262, Catsperh / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: D3Z338

-
タンパク質 , 2種, 6分子 IiQLyl

#9: タンパク質 EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9


分子量: 20942.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Efcab9 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAM2
#12: タンパク質 Solute carrier organic anion transporter family member 6C1


分子量: 68349.680 Da / 分子数: 3 / Mutation: A224G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slco6c1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8C0X7

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 6分子 NPO

#14: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#21: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
糖 , 6種, 57分子

#15: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpb1-3[DManpb1-3DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#16: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#17: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#18: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-6[DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#19: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#20: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotrimer of the mouse CatSper / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69708 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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