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- PDB-9ubt: The structure of the AglA-Ampn-Arg complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ubt
タイトルThe structure of the AglA-Ampn-Arg complex
要素YqcI/YcgG family protein AglA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / hydroxylase
機能・相同性ARGININE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (aminomethyl)phosphonic acid
機能・相同性情報
生物種Streptomyces monomycini (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.596 Å
データ登録者Sun, Y. / Dou, C. / Yan, W. / Zhou, D. / Zhu, X. / Cheng, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200114 中国
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2026
タイトル: A Dynamic Gate Enables Regioselective Hydroxylation of Free Arginine by a Non-Canonical Heme Enzyme.
著者: Sun, Y. / Dou, C. / Yan, W. / Chen, P. / Zhang, L. / Zhou, D. / Zheng, Y. / Long, Z. / Li, S. / Xu, X. / Huang, Q. / Zhu, X. / Cheng, W.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YqcI/YcgG family protein AglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7434
ポリマ－30,8401
非ポリマー9033
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.168, 72.221, 75.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 YqcI/YcgG family protein AglA


分子量: 30840.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not available in UniProt at the time of biocuration. The sequence reference is GenBank Accession Number: URQ58546.1.
由来: (組換発現) Streptomyces monomycini (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物 ChemComp-PGL / (aminomethyl)phosphonic acid


タイプ: peptide-like / 分子量: 111.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH6NO3P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 0.1 M HEPES (pH 7.5) and 30% PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.596→40.07 Å / Num. obs: 81136 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.63 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.16
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Num. unique obs: 6283 / CC1/2: 0.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.596→40.07 Å / SU ML: 0.1294 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 17.1129
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 --RANDOM
Rwork0.1755 33857 --
obs-64912 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.596→40.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1947 0 60 274 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96862850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9669748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.19441220.18232755X-RAY DIFFRACTION98.83
1.64-1.70.20571340.17732730X-RAY DIFFRACTION98.18
1.7-1.760.21231610.1812778X-RAY DIFFRACTION99.93
1.76-1.830.24591620.18652782X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.910.20881440.16962796X-RAY DIFFRACTION99.97
1.91-2.010.17971410.1582811X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.140.16771510.1592781X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.30.20671320.15882838X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.530.18321290.16972846X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.90.20491350.17512875X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.650.17541810.16352838X-RAY DIFFRACTION100
3.65-40.070.18041440.14813027X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.117621093182-0.0135521820950.0227204664190.0554204574308-0.01082215288270.0731506911654-0.02619950593760.422142427739-0.00831252351336-0.2709390840870.0409903686210.2778953255960.162071461249-0.3743022751690.013606790540.1629641098630.00658308661336-0.03155811034430.1678942598550.01790393247610.178023664848-3.11154072961.55378953573-22.2269129713
20.610145599416-0.06699768643290.01328418238620.1519428147190.1259966890770.3991986467180.06784193159260.1241888779150.229114950647-0.131923767027-0.116871301197-0.157454641329-0.1567382821920.0558686556033-0.2244319069490.1190175731730.003190596889620.01205678453840.09828938915810.02106329469610.09229005182157.962161878554.03829415224-20.4556876305
30.2526456022280.1283252717470.1228662795980.395530299537-0.1451639624210.7415910277750.01621150453620.01002412028390.02838904299190.01195224667590.0128795720559-0.0329422284825-0.06276761122740.02457473509810.2525123261770.0980264981162-0.0119886917130.002358381087010.08131693024020.008149852412090.0800716014525.95897471828-3.85148485823-14.8229947522
40.125827725769-0.0346645556499-0.2717137913720.08566555146730.01669162060320.2927878214570.007891966950140.0692691194150.00961564608257-0.0519493284070.008526374998210.306132641243-0.0806555083114-0.1781641097670.01048376827530.1083973940020.0107785359204-0.007444423295330.1352488039570.02075679559820.143169076062-9.1773287702-1.61993212948-11.272311042
50.220587406996-0.1713320590330.09230563699760.100252257272-0.04669756672930.4032817380120.0665248811054-0.183614428972-0.131055441706-0.0439279750049-0.226865714804-0.435280222688-0.01665993527890.07834895683070.09021218409780.109793122491-0.015193317365-0.007946468441520.1056033917740.04286362169310.1530131519865.03722697817-0.356993906831-11.1242660234
60.2239424479-0.114211257219-0.02370392107540.249772347986-0.129513384020.1466627892590.0380145326119-0.08270291412730.3802438190980.0807453112203-0.0104566493024-0.116796087815-0.160302474851-0.0252605589615-0.0004145994714270.1913782477010.01144798518850.005530084073120.131534281606-0.02531874875930.153082915752.333757034897.38960687062-0.897754328632
70.4152697394470.308639016926-0.04810401198970.452159923956-0.1171076786810.2765215237650.0443119202265-0.1369115585740.07880488170810.05884893409880.01115666398030.0895136825081-0.0189133663481-0.0690962748660.03463228888760.1002563897680.002561855098640.005472633811650.1584941381170.009620401308580.118856782832-6.25974695763-3.367555874682.93158867449
80.71105190627-0.1877950126610.1416892214550.381924048648-0.1000821950350.5504603083230.0124934216556-0.00886032314677-0.0685740446797-0.0240525648334-0.0120361860018-0.03914787063020.01935487301480.03883546594460.3223079945220.0758775499612-0.00161690316731-0.0006545284826510.08548885383920.005671221469620.078299213160910.6874963452-10.4778979656-3.93930788457
90.758703690370.01485253122280.1265370513130.05359968295860.1564411577940.3931748655990.0130398549131-0.206102743376-0.02019585871340.0683874529051-0.0172302654839-0.0207691493414-0.00540401487436-0.02266048073360.01993055463450.1059615891450.00024783407621-0.007747638274130.10959474538-0.00339790759390.08100741983777.89926954601-5.753779898267.47283925254
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 13 )2 - 131 - 12
22chain 'A' and (resid 14 through 35 )14 - 3513 - 34
33chain 'A' and (resid 36 through 70 )36 - 7035 - 69
44chain 'A' and (resid 71 through 87 )71 - 8770 - 86
55chain 'A' and (resid 88 through 106 )88 - 10687 - 105
66chain 'A' and (resid 107 through 124 )107 - 124106 - 123
77chain 'A' and (resid 125 through 156 )125 - 156124 - 155
88chain 'A' and (resid 157 through 215 )157 - 215156 - 214
99chain 'A' and (resid 216 through 245 )216 - 245215 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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