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- PDB-9ubf: X-ray structure of Clostridioides difficile autolysin Acd33800 ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ubf
タイトルX-ray structure of Clostridioides difficile autolysin Acd33800 catalytic domain
要素Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Endopeptidase / Hydrolase / Clostridioides difficile
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme-like / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kamitori, S. / Nonaka, Y. / Sekiya, H. / Tamai, E.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K04944 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K18277 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K07061 日本
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2025
タイトル: Biochemical characterization and X-ray structural and mutagenic analyses of the putative autolysin CdCwlT33800 catalytic domain from Clostridioides difficile.
著者: Sekiya, H. / Nonaka, Y. / Kamitori, S. / Tamai, E.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16
B: Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3352
ポリマ－31,3352
非ポリマー00
水4,558253
1
A: Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6671
ポリマ－15,6671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6671
ポリマ－15,6671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.260, 105.260, 63.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Cell wall hydrolase Tn916-like,CTn7-Orf16 / Cysteine endopeptidase


分子量: 15667.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: CD630_33800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q180M8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium Acetate HCl 3.5 M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→36.95 Å / Num. obs: 44783 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 38.27
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.154 / Num. unique obs: 3110 / CC1/2: 0.982

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→30.39 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1851 2106 4.7 %
Rwork0.1625 --
obs0.1635 44780 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1903 0 0 253 2156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1152697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.285685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.480.23691130.20682706X-RAY DIFFRACTION90
1.48-1.520.21191550.18652723X-RAY DIFFRACTION95
1.52-1.560.19281540.17322817X-RAY DIFFRACTION96
1.56-1.610.20221870.17722788X-RAY DIFFRACTION96
1.61-1.660.17381790.16882752X-RAY DIFFRACTION96
1.66-1.720.1889580.16782934X-RAY DIFFRACTION97
1.72-1.790.19951690.18082853X-RAY DIFFRACTION97
1.79-1.870.1675700.17162883X-RAY DIFFRACTION97
1.87-1.970.21451310.17122853X-RAY DIFFRACTION97
1.97-2.090.17631870.16432833X-RAY DIFFRACTION98
2.09-2.250.18741660.1632859X-RAY DIFFRACTION98
2.25-2.480.20131480.16392898X-RAY DIFFRACTION99
2.48-2.840.19541190.17552912X-RAY DIFFRACTION99
2.84-3.570.20611320.16322941X-RAY DIFFRACTION99
3.58-30.390.15011380.13932922X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.95680.7422-0.35271.8770.3720.6918-0.0865-0.07950.0313-0.07420.0598-0.0148-0.04550.13930.02950.0969-0.0275-0.01020.13870.01680.07390.1392-27.9271-26.3672
22.34611.95430.61763.55810.31531.48190.1309-0.1742-0.11650.1487-0.1475-0.09150.0594-0.11190.01710.1104-0.01470.00060.1502-0.00450.116124.0961-12.9474-16.0016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 212 through 334)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 210 through 334)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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