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- PDB-9ub6: Crystal structure of SFTSV Gn head with nanobody VHH261 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ub6
タイトルCrystal structure of SFTSV Gn head with nanobody VHH261
要素
  • Glycoprotein N
  • Nanobody VHH261
キーワードVIRAL PROTEIN / SFTSV
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS virus HB29 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Wu, Y. / Chang, Z. / Wu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32090014 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SFTSV Gn head with nanobody VHH261
著者: Wu, Y. / Chang, Z.
履歴
登録2025年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein N
B: Nanobody VHH261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8064
ポリマ－47,6742
非ポリマー1,1322
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.710, 172.710, 136.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein N / Gn / Glycoprotein G1


分子量: 35050.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for source organism SFTS virus HB29 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id R4V2Q5.
由来: (組換発現) SFTS virus HB29 (ウイルス)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: R4V2Q5
#2: 抗体 Nanobody VHH261


分子量: 12623.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Mammalian expression vector pCAGGS (その他)
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Ammonium sulfate, 0.3M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate, pH5.0, 3% w/v gama-PGA (Na+ form, LM), 3% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→52.2 Å / Num. obs: 27305 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 36.7 % / Biso Wilson estimate: 66.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.89→2.97 Å / Num. unique obs: 10 / CC1/2: 0.709

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→52.2 Å / SU ML: 0.3266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.2906
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2000 7.33 %
Rwork0.1912 25302 -
obs0.1933 27302 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→52.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3275 0 75 0 3350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01063426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1224625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.274509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.960.31751390.30081757X-RAY DIFFRACTION99.95
2.96-3.040.3441400.28361773X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.130.32731400.27831772X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.230.28821400.25751778X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.350.28071410.2291769X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.480.28271400.2141790X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.640.22631420.19511785X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.830.20981420.18021791X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.070.19731410.17361796X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.390.15241440.14531810X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.830.18551440.14531818X-RAY DIFFRACTION100
4.83-5.530.18991440.15511826X-RAY DIFFRACTION100
5.53-6.960.21871470.19821863X-RAY DIFFRACTION100
6.96-52.20.21691560.19621974X-RAY DIFFRACTION99.44
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.732 Å / Origin y: -24.187 Å / Origin z: -31.146 Å
111213212223313233
T0.54328862392 Å2-0.0414931326365 Å2-0.0462686137945 Å2-0.465505939789 Å20.0189662456207 Å2--0.504717737508 Å2
L0.594785838381 °20.553558523141 °20.0710643454422 °2-2.09868607804 °20.774823842255 °2--0.892472978361 °2
S0.00179378908469 Å °0.0200548690877 Å °0.263856245665 Å °-0.084267455609 Å °-0.16475779813 Å °0.247621108807 Å °-0.187579245837 Å °-0.0566978338409 Å °0.174704132977 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:339 OR RESID 400:400 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:115 )A22 - 339
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:339 OR RESID 400:400 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:115 )A400
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:339 OR RESID 400:400 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:115 )B1 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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