PDB-9u9u: Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Lys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u9u

タイトル

Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Lys181Lys/Trp185Tyr/His280Ala with (S)-2-fluoro-3-(4-(trifluoromethyl)phenyl)propanoic acid

要素

Fluoroacetate dehalogenase

キーワード

TRANSFERASE / Fluoroacetate dehalogenase

機能・相同性

haloacetate dehalogenase / haloacetate dehalogenase activity / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / : / Fluoroacetate dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.60000346224 Å

データ登録者

Huang, H.S. / Zhang, Z.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Route to Powerful Biocatalysts: Designing a Gate-based Synergetic Chain through Long-range Conformational Dynamics Analysis
著者: Huang, H.S. / Zhang, Z.M.

履歴

登録	2025年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u9u.cif.gz	556.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u9u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/9u9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/9u9u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	21bkC 9u5xC 9ue2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fluoroacetate dehalogenase

B: Fluoroacetate dehalogenase

C: Fluoroacetate dehalogenase

D: Fluoroacetate dehalogenase

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluoroacetate dehalogenase

B: Fluoroacetate dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fluoroacetate dehalogenase

D: Fluoroacetate dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.698, 86.952, 86.02
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 109.276, 90.0
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Fluoroacetate dehalogenase 分子量: 33646.242 Da / 分子数: 4 / 変異: K181M,W185Y,H280A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌) 遺伝子: RPA1163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-A1ES3 / 3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]propanoic acid 分子量: 218.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉F₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM Tris Ph 8.5,200 mM CaCl2, 20% peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 VENTURE / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→26.65 Å / Num. obs: 70765 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.34 % / B_iso Wilson estimate: 21.5061264137 Å² / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.63 Å / Num. unique obs: 36324 / CC_1/2: 0.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.60000346224→26.6499240149 Å / SU ML: 0.329413578618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33646717113 / 位相誤差: 25.7565765786

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254217631613	3875	5.4758708401 %
R_work	0.195584463986	66890	-
obs	0.198747622164	70765	99.4239550404 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.3441450228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.60000346224→26.6499240149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9320	0	60	233	9613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00310904683209	9690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77278145824	13205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0292615311159	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00416307694702	1729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1238196937	3454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61-2.6317	0.331914075318	130	0.263111638912	2357	X-RAY DIFFRACTION	98.1452249408
2.6317-2.665	0.374759941518	147	0.266118635304	2351	X-RAY DIFFRACTION	98.3464566929
2.665-2.7	0.327511351209	131	0.249592873225	2392	X-RAY DIFFRACTION	99.3307086614
2.7-2.737	0.293945687955	136	0.243177434745	2367	X-RAY DIFFRACTION	98.311076198
2.737-2.776	0.284861150892	134	0.249564018904	2378	X-RAY DIFFRACTION	99.1318074191
2.776-2.8174	0.328748002184	147	0.239120113173	2375	X-RAY DIFFRACTION	98.6312084474
2.8174-2.8614	0.296695989577	126	0.245925107943	2370	X-RAY DIFFRACTION	99.0869392616
2.8614-2.9082	0.287930020911	153	0.247807900341	2390	X-RAY DIFFRACTION	98.8724727838
2.9082-2.9583	0.370494448285	139	0.2420353533	2361	X-RAY DIFFRACTION	99.1669972233
2.9583-3.012	0.319770246991	143	0.241962845149	2385	X-RAY DIFFRACTION	99.5275590551
3.012-3.0699	0.29525169221	137	0.230732816711	2423	X-RAY DIFFRACTION	99.4560994561
3.0699-3.1325	0.30467052823	140	0.225089688313	2373	X-RAY DIFFRACTION	99.8807631161
3.1325-3.2005	0.309672909013	129	0.22757050967	2405	X-RAY DIFFRACTION	99.606918239
3.2005-3.2748	0.313246877003	146	0.222505643218	2423	X-RAY DIFFRACTION	99.8057498057
3.2748-3.3565	0.300078588303	134	0.213056187059	2363	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.3565-3.4471	0.270809859611	138	0.198591504613	2413	X-RAY DIFFRACTION	99.843444227
3.4471-3.5483	0.217965266125	137	0.191585532162	2395	X-RAY DIFFRACTION	99.7635933806
3.5483-3.6626	0.225032344249	142	0.182233645536	2437	X-RAY DIFFRACTION	99.7293116783
3.6626-3.7931	0.229104426155	136	0.175615437956	2377	X-RAY DIFFRACTION	99.7222222222
3.7931-3.9445	0.2300907556	142	0.16945783348	2392	X-RAY DIFFRACTION	99.7245179063
3.9445-4.1234	0.215113790132	144	0.163283766199	2409	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1234-4.3399	0.17736774494	136	0.15384212957	2382	X-RAY DIFFRACTION	99.8809996033
4.3399-4.6106	0.225007878276	143	0.146818689589	2376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6106-4.9644	0.194227868361	136	0.151212449704	2434	X-RAY DIFFRACTION	99.9611046285
4.9644-5.4601	0.239113868274	142	0.161303511609	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4601-6.2414	0.225280809188	135	0.176114027253	2422	X-RAY DIFFRACTION	99.9218444705
6.2414-7.8302	0.19609551721	146	0.185407113878	2371	X-RAY DIFFRACTION	99.8017446471
7.8302-26.649	0.182033643689	126	0.151961057116	2383	X-RAY DIFFRACTION	98.4693877551

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -25.628998193 Å / Origin y: 7.07949716141 Å / Origin z: -19.3061727839 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.154347987232 Å²	-0.017422258135 Å²	-0.0143419734694 Å²	-	0.127743302688 Å²	-0.00604583236993 Å²	-	-	0.15872031115 Å²
L	0.349640631221 °²	0.00365335782695 °²	0.103373080639 °²	-	-0.00228758592685 °²	-0.0316014338778 °²	-	-	0.143043107893 °²
S	-0.0215732336014 Å °	0.0243075861083 Å °	-0.00823719513485 Å °	0.00266002340231 Å °	-0.00208953536066 Å °	-0.000813438392952 Å °	-0.00791848945482 Å °	-0.00294404579126 Å °	0.0266646029024 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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