[日本語] English
万見
- PDB-9u9d: Bipartite Genetically Encoded Biosensor sG-GECO1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u9d
タイトルBipartite Genetically Encoded Biosensor sG-GECO1
要素
  • Green fluorescent protein
  • Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form,Green fluorescent protein,Calmodulin-1
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP / bipartite scpFP / sG-GECO1
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / nitric-oxide synthase binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcineurin-mediated signaling / cleavage furrow / adenylate cyclase binding / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic cytosol / cellular response to interferon-beta / calcium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / presynaptic cytosol / stress fiber / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / titin binding / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / regulation of heart rate / calyx of Held / response to amphetamine / bioluminescence / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of cytokinesis / generation of precursor metabolites and energy / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to calcium ion / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / Schaffer collateral - CA1 synapse / spindle pole / calcium-dependent protein binding / myelin sheath / lamellipodium / growth cone / vesicle / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Fibronectin type III domain ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand domain pair / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Myosin light chain kinase, smooth muscle / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Gallus gallus (ニワトリ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wen, Y. / Campbell, R.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Anal.Chem. / 年: 2025
タイトル: Bipartite Genetically Encoded Biosensors to Sense Calcium Ion Dynamics at Membrane-Membrane Contact Sites.
著者: Yamaguchi, I. / Barazzuol, L. / Dematteis, G. / Zhu, W. / Wen, Y. / Drobizhev, M. / Lim, D. / Campbell, R.E. / Cali, T. / Nasu, Y.
履歴
登録2025年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form,Green fluorescent protein,Calmodulin-1
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8502
ポリマ－52,8502
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.104, 51.104, 201.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Myosin light chain kinase, smooth muscle, deglutamylated form,Green fluorescent protein,Calmodulin-1


分子量: 26684.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: Mylk, GFP, Calm1, Calm, Cam, Cam1, CaMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11799, UniProt: P42212, UniProt: P0DP29
#2: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26165.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 1.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2m sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.14 Å / Num. obs: 634405 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 24.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.93
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Num. unique obs: 25780 / CC1/2: 0.626

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→36.14 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 3675 7.8 %
Rwork0.1835 --
obs0.1868 47094 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1839 0 0 174 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2042575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.213253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.50891420.49061674X-RAY DIFFRACTION98
1.83-1.850.39941400.38981667X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.39531420.37011657X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.90.36431430.32061716X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.36321310.2661627X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.970.25171510.24121703X-RAY DIFFRACTION100
1.97-20.26611350.22351642X-RAY DIFFRACTION100
2-2.040.23271440.2281684X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.080.24641430.20751653X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.120.27091430.21561695X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.160.25911380.22141646X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.210.31081420.22661688X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.27251400.20731659X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.330.27961440.19331701X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.40.22811370.19471613X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.480.27521450.21692X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.570.23141360.20051682X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.24891410.20551684X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.29041430.20761657X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.940.21531400.21651668X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.120.29891340.19261656X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.360.23391450.17381687X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.70.19081440.17281674X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.230.17211470.14591669X-RAY DIFFRACTION100
4.23-5.330.1841430.12811647X-RAY DIFFRACTION100
5.34-36.140.18931420.16691678X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.4424 Å / Origin y: 13.3702 Å / Origin z: 88.6475 Å
111213212223313233
T0.2829 Å2-0.0009 Å20.0086 Å2-0.2643 Å2-0.0117 Å2--0.2941 Å2
L1.3868 °20.4085 °20.3613 °2-3.8099 °21.2065 °2--2.7071 °2
S0.0427 Å °0.0435 Å °0.0378 Å °0.4618 Å °0.0057 Å °0.0687 Å °0.1873 Å °0.0432 Å °-0.0427 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る