PDB-9u98: Glycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase (E318G mutant) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u98

タイトル

Glycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase (E318G mutant) from Streptomyces griseus (sophorose complex)

要素

Putative beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-Glucosidase

機能・相同性

Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / beta-D-glucopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative beta-glucosidase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 (ストレプトマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Kumakura, H. / Motouchi, S. / Nakai, H. / Nakajima, M.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of beta-1,2-glucan-associated glycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase from Streptomyces griseus
著者: Kumakura, H. / Motouchi, S. / Nakai, H. / Nakajima, M.

履歴

登録	2025年3月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2025年4月16日	ID: 8KAQ
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u98.cif.gz	321.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u98.ent.gz	257.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u98_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u98_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	9u98_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	9u98_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/9u98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/9u98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8kapC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative beta-glucosidase

B: Putative beta-glucosidase

C: Putative beta-glucosidase

D: Putative beta-glucosidase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative beta-glucosidase

ヘテロ分子

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46.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.793, 100.179, 96.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.868, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Putative beta-glucosidase 分子量: 45690.605 Da / 分子数: 4 / 変異: E318G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 (ストレプトマイシン生産菌) 遺伝子: SGR_2426 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1W1N0

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 3種, 538分子

#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.3 M sodium formate, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→46.824 Å / Num. obs: 93387 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.13→2.17 Å / Num. unique obs: 4558 / CC_1/2: 0.637

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→46.818 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2278	4704	5.038 %
R_work	0.1808	88660	-
all	0.183	-	-
obs	-	93364	98.515 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.007 Å²	0 Å²	0.002 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→46.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12145	0	162	530	12837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	12650
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	11332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.806	17294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	1.75	26025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.883	5	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.658	5	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.492	10	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.723	10	605
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	15409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	10827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	6204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.622	2.837	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.621	2.838	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.702	5.089	7779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.702	5.09	7780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.182	3.074	6417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.181	3.075	6418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.751	5.528	9515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.751	5.528	9516
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.929	27.065	14366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.897	27.042	14314

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.13-2.185	0.305	351	0.249	6475	0.252	6972	0.941	0.958	97.9059	0.225
2.185-2.245	0.294	342	0.239	6279	0.242	6745	0.944	0.963	98.1616	0.213
2.245-2.31	0.261	352	0.219	6142	0.221	6613	0.953	0.969	98.2005	0.192
2.31-2.381	0.261	325	0.206	5992	0.208	6424	0.958	0.973	98.3344	0.175
2.381-2.459	0.259	278	0.198	5844	0.201	6224	0.961	0.976	98.3612	0.169
2.459-2.545	0.272	309	0.193	5624	0.197	6026	0.956	0.977	98.4567	0.162
2.545-2.64	0.255	263	0.189	5458	0.192	5805	0.962	0.979	98.553	0.158
2.64-2.748	0.285	267	0.194	5266	0.198	5609	0.954	0.978	98.645	0.162
2.748-2.87	0.232	269	0.181	5044	0.184	5391	0.968	0.98	98.5531	0.151
2.87-3.009	0.232	287	0.18	4778	0.183	5136	0.966	0.981	98.6176	0.156
3.009-3.171	0.266	235	0.188	4576	0.192	4887	0.956	0.979	98.4449	0.165
3.171-3.363	0.24	206	0.193	4367	0.196	4624	0.967	0.979	98.8971	0.173
3.363-3.593	0.233	223	0.188	4077	0.19	4352	0.968	0.982	98.8051	0.172
3.593-3.879	0.185	205	0.167	3818	0.168	4078	0.979	0.986	98.6513	0.155
3.879-4.247	0.178	183	0.143	3511	0.145	3743	0.982	0.989	98.6909	0.136
4.247-4.743	0.174	171	0.134	3177	0.136	3390	0.983	0.99	98.7611	0.13
4.743-5.468	0.172	163	0.144	2816	0.145	2998	0.986	0.99	99.3662	0.138
5.468-6.674	0.206	120	0.166	2431	0.168	2575	0.979	0.986	99.068	0.159
6.674-9.344	0.216	95	0.166	1875	0.168	1990	0.971	0.985	98.995	0.168
9.344-46.818	0.172	60	0.185	1110	0.184	1180	0.983	0.981	99.1525	0.212

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