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万見
- PDB-9u6e: FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u6e
タイトルFADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis
要素FAS-associated death domain protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / RNA recognition / RNA helicase / ATP hydrolysis / RLR signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / death effector domain binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / death-inducing signaling complex assembly / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway ...positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / death effector domain binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / death-inducing signaling complex assembly / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / ripoptosome / caspase binding / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of adaptive immune response / necroptotic signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / receptor serine/threonine kinase binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of innate immune response / death receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / motor neuron apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / T cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / lymph node development / positive regulation of execution phase of apoptosis / spleen development / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / behavioral response to cocaine / signaling adaptor activity / thymus development / positive regulation of interleukin-8 production / apoptotic signaling pathway / kidney development / Regulation of TNFR1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell differentiation in thymus / cell body / protease binding / defense response to virus / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / apoptotic process / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FADD / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FAS-associated death domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, P. / Luo, D.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-CRP26-2021-0001 シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis.
著者: Ying Chen / Vinh Thang Huynh / Lihua Lai / Ping Liu / Tongyang Li / Yaw Bia Tan / Che Shin Chew / Amhed Missael Vargas Velazquez / Firdaus Samsudin / Jan K Marzinek / Peter J Bond / Bin Wu / ...著者: Ying Chen / Vinh Thang Huynh / Lihua Lai / Ping Liu / Tongyang Li / Yaw Bia Tan / Che Shin Chew / Amhed Missael Vargas Velazquez / Firdaus Samsudin / Jan K Marzinek / Peter J Bond / Bin Wu / Dahai Luo / Vinay Tergaonkar /
要旨: Extrinsic apoptosis is initiated by signaling from death receptors, leading to the assembly of RIPK1, FADD, and caspase-8 complex. Subsequently, caspase-8 forms a filamentous structure through the ...Extrinsic apoptosis is initiated by signaling from death receptors, leading to the assembly of RIPK1, FADD, and caspase-8 complex. Subsequently, caspase-8 forms a filamentous structure through the oligomerization of its tandem death effector domain (tDED), resulting in caspase activation and cell death. Although the DED of FADD (DED) is homologous to the tDEDs of caspase-8 (tDED) and both oligomerize to function, the functional form of DED oligomer in extrinsic apoptosis remains unclear. Here, using cryogenic-electron microscopy, we elucidate the structure of DED filaments comprising three helical chains assembled through three types of iterative interactions. Mutations disrupting DED filament formation impair the recruitment of RIPK1 and caspase-8, and abrogate the cell death response, suggesting that DED filamentation represents an important mechanistic step in the initiation of TNF-induced extrinsic apoptosis. Contrary to the belief that the homotypic death domains of RIPK1 and FADD are solely responsible for their interaction, we here show this interaction requires DED filamentation. Furthermore, cFLIP can disrupt DED filaments, uncovering an additional antiapoptotic mechanism of cFLIP beyond its disruption of caspase-8 filament. Molecular dynamics simulations reveal that DED filament thermodynamically favors tDED monomer over DED monomer, thus explaining the hierarchy and stoichiometry of FADD/caspase-8 complex assembly. These findings highlight the hitherto unappreciated roles of DED filament formation in extrinsic apoptosis.
履歴
登録2025年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: FAS-associated death domain protein
C: FAS-associated death domain protein
D: FAS-associated death domain protein
E: FAS-associated death domain protein
F: FAS-associated death domain protein
G: FAS-associated death domain protein
H: FAS-associated death domain protein
I: FAS-associated death domain protein
J: FAS-associated death domain protein
K: FAS-associated death domain protein
L: FAS-associated death domain protein
M: FAS-associated death domain protein
N: FAS-associated death domain protein
O: FAS-associated death domain protein
P: FAS-associated death domain protein
Q: FAS-associated death domain protein
R: FAS-associated death domain protein
S: FAS-associated death domain protein
T: FAS-associated death domain protein
U: FAS-associated death domain protein
V: FAS-associated death domain protein
W: FAS-associated death domain protein
X: FAS-associated death domain protein
Y: FAS-associated death domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)559,44924
ポリマ－559,44924
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
FAS-associated death domain protein / FAS-associating death domain-containing protein / Growth-inhibiting gene 3 protein / Mediator of ...FAS-associating death domain-containing protein / Growth-inhibiting gene 3 protein / Mediator of receptor induced toxicity


分子量: 23310.379 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FADD, MORT1, GIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13158
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1FADD-DED filamentCOMPLEXFADD-DED filament formation during apoptosisall0RECOMBINANT
2FADD-filamentCOMPLEXFADD-filamentall1RECOMBINANT
分子量値: 0.42 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25mM HEPES, 150mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample forms filament.
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6999

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Topaz粒子像選択
2cryoSPARC粒子像選択
3EPU画像取得
5cryoSPARCCTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
11Cootモデル精密化
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC最終オイラー角割当helical refinement
14cryoSPARC分類heterogenous refinement
15cryoSPARC３次元再構成helical refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: topaz train/extract
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178480 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 2.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00216704
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.34622416
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.7242256
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0352640
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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