PDB-9u54: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u54

タイトル

Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the 17-mer expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.10 A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / coaD / PPAT / COENZYME A biosynthesis / EXPRESSION TAG

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. 638 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the 17-mer expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.0 A resolution.
著者: Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2025年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u54.cif.gz	212.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u54.ent.gz	171.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u54_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u54_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9u54_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	9u54_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/9u54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/9u54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.308, 78.676, 106.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.249, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 19464.545 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア) 遺伝子: coaD, Ent638_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A4W515, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: BIS-TRIS propane pH 7.0, Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.29 Å / Num. obs: 65468 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.9 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / R_merge(I) obs: 1.438 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4023 / CC_1/2: 0.268 / R_pim(I) all: 1.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.101→43.325 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.208 / Average fsc free: 0.9327 / Average fsc work: 0.948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2775	1302	1.989 %
R_work	0.2238	64159	-
all	0.225	-	-
obs	-	65461	98.651 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.48 Å²	-0 Å²	-0.466 Å²
2-	-	0.461 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→43.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7702	0	78	472	8252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	7969
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	7649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.821	10778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.756	1.746	17606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.337	5	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.897	5	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.566	10	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.444	10	339
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	7397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.843	5.036	3960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.84	5.036	3960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.939	9.035	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.94	9.035	4945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.245	5.591	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.237	5.592	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.891	10.043	5832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.891	10.043	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.942	51.816	9016
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.949	51.566	8935

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.101-2.155	0.367	67	0.385	4175	0.385	4854	0.893	0.877	87.3918	0.38
2.155-2.214	0.396	89	0.366	4632	0.366	4755	0.879	0.893	99.285	0.36
2.214-2.278	0.36	94	0.329	4505	0.33	4626	0.889	0.911	99.4163	0.317
2.278-2.348	0.323	81	0.312	4375	0.312	4475	0.92	0.928	99.5754	0.297
2.348-2.425	0.313	96	0.292	4236	0.293	4348	0.927	0.938	99.632	0.274
2.425-2.51	0.345	83	0.283	4119	0.284	4217	0.935	0.943	99.6443	0.265
2.51-2.604	0.295	74	0.272	3997	0.273	4080	0.952	0.953	99.7794	0.252
2.604-2.71	0.347	92	0.259	3834	0.261	3935	0.92	0.956	99.7713	0.239
2.71-2.83	0.277	74	0.212	3663	0.214	3748	0.958	0.97	99.7065	0.192
2.83-2.968	0.313	73	0.214	3490	0.216	3577	0.932	0.97	99.6086	0.199
2.968-3.128	0.351	84	0.24	3338	0.242	3429	0.913	0.966	99.7959	0.225
3.128-3.316	0.319	39	0.22	3215	0.222	3257	0.932	0.972	99.9079	0.212
3.316-3.544	0.262	51	0.23	2959	0.231	3021	0.962	0.972	99.6359	0.223
3.544-3.825	0.246	57	0.205	2785	0.205	2854	0.966	0.977	99.5795	0.2
3.825-4.187	0.218	62	0.165	2557	0.166	2633	0.971	0.984	99.4683	0.163
4.187-4.676	0.24	49	0.141	2317	0.143	2381	0.97	0.988	99.37	0.143
4.676-5.389	0.199	52	0.174	2041	0.175	2105	0.974	0.983	99.4299	0.177
5.389-6.575	0.389	27	0.233	1767	0.235	1814	0.938	0.974	98.8975	0.231
6.575-9.193	0.228	42	0.179	1342	0.181	1397	0.977	0.983	99.0694	0.189
9.193-43.325	0.2	16	0.194	812	0.194	842	0.973	0.974	98.3373	0.211

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関連情報:EMDBヘッダ

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