PDB-9u4e: Cryo-EM structure of the human CRP-CPS23F complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u4e

タイトル

Cryo-EM structure of the human CRP-CPS23F complex

要素

C-reactive protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / complex / pentamer / anti-bacterial immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / vasoconstriction / choline binding / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Chen, D.Y. / Xie, Y.F. / Gao, F. / Qi, J.X. / Zhang, J.R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human CRP-CPS23F complex
著者: Chen, D.Y. / Xie, Y.F. / Gao, F. / Qi, J.X. / Zhang, J.R.

履歴

登録	2025年3月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u4e.cif.gz	397.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u4e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u4e_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u4e_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9u4e_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	9u4e_validation.cif.gz	61.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/9u4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/9u4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63844MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-reactive protein

B: C-reactive protein

C: C-reactive protein

D: C-reactive protein

E: C-reactive protein

ヘテロ分子

130 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

C-reactive protein

分子量: 25061.477 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRP, PTX1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02741

#2: 多糖

alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 788.636 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION

分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Complex of C-reactive protein and CPS23F / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 207101 / 対称性のタイプ: POINT
精密化	最高解像度: 2.78 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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