PDB-9u46: The X-ray structure of N-terminal catalytic domain of Thermoplasm...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 9u46

タイトル

The X-ray structure of N-terminal catalytic domain of Thermoplasma acidophilum tRNA methyltransferase Trm56 (Ta0931) in complex with 5'-Methylthioadenosine

要素

tRNA (cytidine(56)-2'-O)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / 2'-O methylation / SPOUT superfamily / Archaea

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (cytidine56-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine(56)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA nucleoside ribose methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.992 Å

データ登録者

Fukumoto, S. / Hasegawa, T. / Ototake, M. / Moriguchi, S. / Namba, M. / Yamagamai, R. / Kawamura, T. / Hirata, A. / Hori, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray structure of N-terminal catalytic domain of Thermoplasma acidophilum tRNA methyltransferase Trm56 (Ta0931) in complex with S-adenosyl-L-methionine
著者: Fukumoto, S. / Hasegawa, T. / Ototake, M. / Moriguchi, S. / Namba, M. / Yamagamai, R. / Kawamura, T. / Hirata, A. / Hori, H.

履歴

登録	2025年3月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2025年4月2日	ID: 8X6J
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u46.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u46.ent.gz	31.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/9u46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/9u46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yy8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: tRNA (cytidine(56)-2'-O)-methyltransferase

ヘテロ分子

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (cytidine(56)-2'-O)-methyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA (cytidine(56)-2'-O)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.700, 71.400, 86.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	tRNA (cytidine(56)-2'-O)-methyltransferase / tRNA ribose 2'-O-methyltransferase aTrm56 分子量: 17373.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性) 株: DSM 1728 / 遺伝子: Ta0931 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q9HJN6, tRNA (cytidine56-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350, Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 10241 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 22.19
反射シェル	解像度: 1.99→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 8.57 / Num. unique obs: 1613 / CC_1/2: 0.97 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YY8

2yy8

解像度: 1.992→39.083 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.388 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	512	5 %
R_work	0.1709	9729	-
all	0.173	-	-
obs	-	10241	99.485 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.892 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.054 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.106 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.992→39.083 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1222	0	20	53	1295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.595	1.639	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.56	1.552	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.17	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.012	10	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.402	10	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.49	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	642
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.347	2.365	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.338	2.365	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.319	3.537	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.317	3.54	753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.761	2.886	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.758	2.889	664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.325	4.137	957
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.322	4.14	958
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.145	35.491	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.142	35.48	1440

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.992-2.043	0.237	36	0.165	690	0.169	750	0.969	0.982	96.8	0.142
2.043-2.099	0.16	36	0.169	686	0.168	723	0.979	0.981	99.8617	0.15
2.099-2.16	0.257	35	0.169	675	0.174	710	0.957	0.981	100	0.148
2.16-2.226	0.294	35	0.172	657	0.178	692	0.953	0.981	100	0.153
2.226-2.299	0.197	34	0.159	636	0.161	671	0.975	0.984	99.851	0.14
2.299-2.379	0.222	32	0.15	613	0.154	646	0.965	0.985	99.8452	0.135
2.379-2.468	0.294	31	0.159	587	0.165	618	0.949	0.984	100	0.143
2.468-2.569	0.239	30	0.179	571	0.182	601	0.956	0.98	100	0.168
2.569-2.683	0.212	29	0.182	551	0.184	580	0.969	0.979	100	0.167
2.683-2.813	0.253	28	0.167	534	0.171	563	0.962	0.983	99.8224	0.157
2.813-2.964	0.193	26	0.175	491	0.176	517	0.972	0.981	100	0.169
2.964-3.143	0.334	25	0.18	485	0.185	510	0.942	0.981	100	0.177
3.143-3.358	0.295	24	0.199	451	0.204	476	0.955	0.975	99.7899	0.202
3.358-3.625	0.228	22	0.18	420	0.183	445	0.966	0.981	99.3258	0.189
3.625-3.968	0.177	21	0.163	393	0.164	415	0.984	0.985	99.759	0.176
3.968-4.43	0.169	18	0.15	346	0.151	367	0.982	0.987	99.1826	0.169
4.43-5.105	0.186	17	0.161	326	0.162	345	0.981	0.988	99.4203	0.184
5.105-6.225	0.202	14	0.21	268	0.21	285	0.989	0.979	98.9474	0.234
6.225-8.695	0.216	12	0.172	217	0.174	234	0.981	0.983	97.8632	0.187
8.695-39.083	0.239	7	0.15	132	0.154	145	0.981	0.969	95.8621	0.203

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関連情報:EMDBヘッダ

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