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- PDB-9u42: Crystal Structure of Homogentisate 1,2-Dioxygenase from Acinetoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u42
タイトルCrystal Structure of Homogentisate 1,2-Dioxygenase from Acinetobacter in Complex with Zn ion
要素Glyoxalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Aromatic compound metabolism
機能・相同性: / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Glyoxalase
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seo, P.-W. / Hwangbo, S.-A. / Park, S.-Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00219517 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440289 韓国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Structural Mimicry Without Glyoxalase I Functional Convergence: A Homogentisate 1,2-Dioxygenase From Acinetobacter.
著者: Seo, P.W. / Hwangbo, S.A. / Kim, J.S. / Park, S.Y.
履歴
登録2025年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4173
ポリマ－21,2291
非ポリマー1882
水2,972165
1
A: Glyoxalase
ヘテロ分子

A: Glyoxalase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Biological unit is a homodimer, although observed as a monomer in gel filtration analysis. Crystallographic packing reveals a homodimeric interface consistent with the biological assembly.
  • 42.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8336
ポリマ－42,4582
非ポリマー3754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area8040 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.058, 121.250, 54.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glyoxalase


分子量: 21229.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter (バクテリア) / 遺伝子: DH17_10945 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B2UB00
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 0.05 M Calcium chloride and 30 % (v/v) PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→25 Å / Num. obs: 25748 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.585.50.67912360.7530.9270.3070.7480.43796.4
1.58-1.615.90.61312570.8230.950.2690.6710.46196.6
1.61-1.646.50.58112500.8840.9690.240.630.46597.2
1.64-1.676.70.51412600.9060.9750.2090.5560.49596.8
1.67-1.716.80.43412630.9290.9810.1750.4680.53696.6
1.71-1.756.70.36612410.9450.9860.1490.3950.53697.2
1.75-1.796.80.32612660.9610.990.1330.3530.60897.3
1.79-1.846.80.25512610.9730.9930.1030.2750.66997.1
1.84-1.896.70.2212710.9790.9950.090.2380.7698.2
1.89-1.956.30.18413020.9780.9940.0780.2010.97998.3
1.95-2.026.40.14912680.9880.9970.0630.1621.06998.7
2.02-2.17.40.13212790.9880.9970.0520.1421.00998.2
2.1-2.27.40.11412900.9910.9980.0450.1230.99398.6
2.2-2.317.40.10612910.9930.9980.0410.1141.09698.1
2.31-2.467.30.09512990.9950.9990.0370.1021.05299.2
2.46-2.6570.09113140.9940.9990.0360.0980.99699.2
2.65-2.926.30.08113060.9950.9990.0340.0881.05599.2
2.92-3.347.40.06913300.9960.9990.0270.0751.06999.1
3.34-4.27.30.05513430.9980.9990.0220.061.08799.8
4.2-256.60.05714210.9970.9990.0230.0621.03299.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→24.8 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1909 1016 4 %
Rwork0.1687 --
obs0.1695 25393 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1382 0 9 165 1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3571926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.503526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.630.221400.21953374X-RAY DIFFRACTION97
1.63-1.730.20811420.19313399X-RAY DIFFRACTION97
1.73-1.870.19541420.17873431X-RAY DIFFRACTION98
1.87-2.060.19411440.17183447X-RAY DIFFRACTION98
2.06-2.350.20011460.16563491X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.960.22621480.17823540X-RAY DIFFRACTION99
2.96-24.80.16551540.15533695X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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