PDB-9u3o: Crystal structure of Chi430 mutant E176A in the substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u3o

タイトル

Crystal structure of Chi430 mutant E176A in the substrate complex

要素

chitinase

キーワード

HYDROLASE / Chitinase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Qipeng, C. / Jinghan, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chi430 mutant E173A in the substrate complex
著者: Qipeng, C. / Jinghan, Z.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u3o.cif.gz	105.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u3o.ent.gz	74.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u3o_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u3o_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9u3o_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	9u3o_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9iuh
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: chitinase

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.676, 49.858, 92.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.616, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質

chitinase

分子量: 46017.387 Da / 分子数: 1 / 変異: E176A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: HKB16_33210 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Y0XG39, chitinase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 2.0 M Ammonium sulfate / PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→60.58 Å / Num. obs: 98938 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 6.58 Å² / CC_1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7195 / CC_1/2: 0.189
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→49.506 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.195 / SU B: 0.984 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9619 / Average fsc work: 0.9674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	4902	4.956 %
R_work	0.1842	94012	-
all	0.185	-	-
obs	-	98914	99.769 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.787 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.057 Å²	-0 Å²	0.244 Å²
2-	-	-0.414 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→49.506 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3238	0	57	210	3505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.959	1.809	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.69	1.757	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.28	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.058	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.533	10	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.13	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.056	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.269	0.943	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.269	0.943	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.97	1.689	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.969	1.691	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.436	1.223	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.438	1.223	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.814	2.115	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.814	2.114	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.679	10.18	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.664	9.894	3898

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.35-1.385	0.301	359	0.294	6827	0.294	7251	0.927	0.916	99.1036	0.27
1.385-1.423	0.282	352	0.269	6730	0.269	7128	0.885	0.925	99.3547	0.25
1.423-1.464	0.232	336	0.228	6550	0.228	6917	0.949	0.954	99.5518	0.21
1.464-1.509	0.238	343	0.219	6340	0.22	6701	0.953	0.956	99.7314	0.202
1.509-1.559	0.234	327	0.191	6198	0.194	6542	0.962	0.973	99.7401	0.177
1.559-1.613	0.215	335	0.185	5944	0.187	6285	0.971	0.972	99.9045	0.172
1.613-1.674	0.201	305	0.173	5725	0.174	6034	0.974	0.977	99.9337	0.163
1.674-1.742	0.196	285	0.176	5603	0.177	5892	0.975	0.977	99.9321	0.167
1.742-1.82	0.192	262	0.164	5371	0.166	5635	0.976	0.98	99.9645	0.161
1.82-1.908	0.194	258	0.162	5085	0.163	5347	0.977	0.983	99.9252	0.164
1.908-2.012	0.184	269	0.163	4863	0.164	5132	0.978	0.981	100	0.168
2.012-2.133	0.186	232	0.161	4620	0.162	4854	0.976	0.983	99.9588	0.172
2.133-2.28	0.184	225	0.161	4344	0.162	4569	0.979	0.983	100	0.175
2.28-2.463	0.167	204	0.158	4036	0.158	4241	0.981	0.985	99.9764	0.178
2.463-2.697	0.174	165	0.171	3753	0.171	3919	0.98	0.983	99.9745	0.198
2.697-3.014	0.195	182	0.173	3384	0.174	3566	0.975	0.98	100	0.201
3.014-3.478	0.203	162	0.175	2984	0.176	3146	0.976	0.98	100	0.211
3.478-4.255	0.166	138	0.161	2531	0.161	2669	0.985	0.985	100	0.208
4.255-5.995	0.194	111	0.179	1993	0.18	2110	0.981	0.985	99.7156	0.24
5.995-49.506	0.264	52	0.258	1131	0.259	1203	0.964	0.951	98.3375	0.487

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)