PDB-9u3f: Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) Y254G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9u3f

タイトル

Monomeric sarcosine oxidase from Bacillus sp. (SoxB) Y254G mutant

要素

Monomeric sarcosine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Sarcosine oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. B-0618 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2025
タイトル: Structural and functional analysis of Bacillus sarcosine oxidase and its activity toward cyclic imino acids.
著者: Zhang, Y. / Nakajima, Y. / Kurobe, M. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2025年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9u3f.cif.gz	184.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9u3f.ent.gz	137.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9u3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9u3f_validation.pdf.gz	928.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9u3f_full_validation.pdf.gz	933.9 KB	表示
XML形式データ	9u3f_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	9u3f_validation.cif.gz	57.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/9u3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9u3bC 9u3cC 9u3dC 9u3eC 1el5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monomeric sarcosine oxidase

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monomeric sarcosine oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.580, 69.673, 73.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.735, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Monomeric sarcosine oxidase / MSOX 分子量: 43968.234 Da / 分子数: 2 / 変異: Y254G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus sp. B-0618 (バクテリア) 遺伝子: soxA, sox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl buffer pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→42.364 Å / Num. obs: 128302 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / R_merge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6356 / CC_1/2: 0.765

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EL5

1el5

解像度: 1.45→42.364 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.191 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	6788	5.292 %
R_work	0.1595	121492	-
all	0.161	-	-
obs	-	128280	98.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	0.003 Å²
2-	-	0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.364 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5906	0	126	645	6677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	6186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.872	1.831	8395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.654	1.748	13009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.178	5	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.436	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	4.585	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.862	10	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.943	10	282
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.32	1.331	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.319	1.331	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.939	2.388	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.943	2.39	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	1.545	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.327	1.546	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.48	2.733	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.48	2.733	4605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.241	14.193	6803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.144	13.298	6652

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.226	521	0.232	8959	0.232	9510	0.963	0.96	99.6845	0.188
1.488-1.528	0.234	452	0.21	8780	0.211	9264	0.964	0.969	99.6546	0.17
1.528-1.573	0.222	460	0.195	8520	0.197	9123	0.964	0.973	98.4325	0.157
1.573-1.621	0.201	415	0.178	8295	0.179	8787	0.972	0.978	99.1237	0.142
1.621-1.674	0.197	486	0.174	7985	0.175	8497	0.973	0.98	99.694	0.142
1.674-1.733	0.213	444	0.165	7800	0.167	8260	0.971	0.983	99.8063	0.142
1.733-1.798	0.189	430	0.157	7508	0.159	7950	0.978	0.984	99.8491	0.136
1.798-1.871	0.197	470	0.157	7180	0.159	7658	0.975	0.985	99.8955	0.139
1.871-1.954	0.169	396	0.15	6934	0.151	7353	0.982	0.986	99.6872	0.137
1.954-2.049	0.195	338	0.15	6672	0.152	7043	0.978	0.986	99.5314	0.14
2.049-2.16	0.183	301	0.151	6278	0.153	6688	0.979	0.986	98.3702	0.146
2.16-2.291	0.179	357	0.148	5930	0.15	6343	0.98	0.986	99.1171	0.143
2.291-2.448	0.17	365	0.146	5511	0.147	5952	0.982	0.987	98.7231	0.147
2.448-2.644	0.176	271	0.143	5243	0.144	5568	0.981	0.987	99.0302	0.15
2.644-2.895	0.182	210	0.153	4849	0.154	5138	0.979	0.985	98.4624	0.164
2.895-3.235	0.219	221	0.164	4297	0.166	4627	0.972	0.984	97.6443	0.182
3.235-3.732	0.163	228	0.156	3739	0.156	4109	0.984	0.987	96.5442	0.179
3.732-4.561	0.139	189	0.135	3173	0.135	3501	0.989	0.989	96.0297	0.163
4.561-6.414	0.172	167	0.161	2426	0.162	2722	0.988	0.988	95.2608	0.198
6.414-42.364	0.253	67	0.195	1413	0.197	1570	0.968	0.978	94.2675	0.244

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)